دوره کمون این بیماری در اشکال مختلف متفاوت است و به عواملی همچون تیپ ویروس ، حدت ویروس ، راه آلوده شدن ، دزویروس ، آلودگی های همراه با بیماری، جنس و سن و گونه پرندگان ، عوامل محیطی مانند گرد وغبار و آمونیاک بستگی دارد. در شکل انفرادی ، این دوره از چند ساعت تا 3 روز و در گله حدود 11 روز به طول می انجامد. علایم بالینی در LPAI , MPAI , HPAI به شرح زیر است :

الف ( HPAI ) آنفلوآنزا با بیماریزایی فوق حاد ( : بیماری فوق ، شروعی ناگهانی دارد و دارای دوره ای کوتاه ، حداکثر 3 تا 5 روز می باشد. آمار مرگ و میر ) به ویژه مرگ های ناگهانی ( بسیار بالا و گاهی تا 111 درصد نیز گزارش شده است. خیز )ادم( در سر و صورت پرنده به شکل تورم سر، سینوزیت و تورم اطراف چشم ) تورم سینوس زیرچشمی( مشهود است. تاج و ریش ، سیاه نوزه )به رنگ آبی متمایل به ارغوانی( شده ، گاهی جراحات اکیموتیک و نکروتیک مشاهده می شود. تورم و احتقان ملتحمه نیز به همراه ریزش وجود دارد. پلک ها ملتهب شده گاهی جراحات نکروزه شده بر روی آنها ایجاد می گرددعلایم تنفسی به شکل سرفه و عطسه ، جیغ کشیدن ، بلع هوا و اشکال در تنفس به همراه رال های تنفسی مشاهده می شود. گاهی پرندگان بیمار دچار اسهال به شکل مدفوع سبز ، شل و کف آلود می شوند. تورم و احتقان ملتحمه نیز به همراه ریزش وجود دارد. پلک ها ملتهب شده ، گاهی جراحات نکروزه شده بر روی آنها ایجاد می گردد. خونریزی نقطه ای در اندام های احشایی و خونریزی زیر جلدی به شکل قلم مویی به ویژه در ساق پاها و پاها از نشانه های بارز بیماری است. همچنین علایم عصبی شامل لرزش ) Tremor ( سروگردن ، عدم توانایی در ایستادن و حالت ستاره نگری ) targazing ( وجود داردسکوت غیر طبیعی پرندگان، بدون هرگونه فعالیت و سروصدا، به همراه کاهش مصرف غذا و دان نیز از علایمی است که در گله بیمار مشهود است. لازم به ذکر است که علایم ذکر شده ، مربوط به آسیب حاصله ازهجوم ویروس به اندام های احشایی ، قلب، عروق و اعصاب می باشد.

ب( MPAI )آنفلوآنزا با بیماریزایی حاد و متوسط( :
آمار مرگ و میر در این بیماری بالا است. در این شکل از بیماری ، پرها ژولیده شده ، افسردگی و بی حالی شدید تا حالت خواب آلودگی در پرنده ها ، به همراه کم تحرکی در گله کاملا مشهود است. کپه شدن پرندگان روی هم از علامت دیگر مشاهده شده در این شکل از بیماری است. عدم تعادل در هنگام حرکت که گاهی با علایم عصبی همراه می شود، نیز رخ می دهد. بی اشتهایی سبب کاهش ناگهانی و شدید مصرف آب و غذا شده، در نهایت کاهش وزن و لاغری پرندگان را در پی دارد. در صورت پیشرفت بیماری، پرندگان توانایی ایستادن را نیز از دست می دهند. در صورت خاموش شدن چراغ ها صدای تنفسی پرندگان شنیده می شود. تولید تخم مرغ نیز کاهش می یابد. علایم بالینی مربوط به این شکل از بیماری، به علت اثرات نامطلوب بیماری فوق بر اندام های تنفسی، هاضمه، ادراری و تناسلی می باشد

.ج( LPAI )آنفلوانزا با بیماریزایی خفیف(:
در شکل LPAI ، افسردگی واضح پرندگان به صورت سکوت و عدم آواز خواندن نمود پیدا می کند. این حالت به مدت یک هفته بدون هیچ گونه علامت واضح در پرندگان باقی می ماند. در صورت خاموش شدن چراغ ها صدای تنفسی پرندگان شنیده می شود.