اختراع و معرفی روش Real time PCR سبب انقلابی در روشهای زیستشناسی مولکولی، خصوصاً مطالعات آنالیز
بیان ژن گردیده است . از مهمترین مزایای این روش میتوان به حساسیت بالا و کمیت سنجی دقیق اشاره نمود ) et Jain 2006 al., ) . روش Real time PCR بهعنوان روشی مناسب و دقیق برای مطالعه بیان ژن استفاده میشود. اساس این
روش مبتنی بر سنجش کمی نسخههای تکثیرشده در PCR از طریق مرحله تصاعدی واکنش و سنجش میزان نشر نور
فلورسانس میباشد )منصوری و همکاران، 1811 (. این روش ابتدا توسط Higuchi و همکاران در سال 1991 معرفی شد.
ازآنجاییکه اسیدنوکلئیک تکثیر یافته و مراحل تشخیص در یک محیط بسته انجام میشود؛ ریسک آلودگی نسبت به روشهای
کلاسیک و معمولی PCR کاهش مییابد. سرعت در انجام آزمایش، حذف مرحله ردیابی محصول پس از PCR ، مشاهده
لحظه به لحظه واکنش و قطع آن در هر زمان، حساسیت و اختصاصیت بالا در روش Real time PCR باعث تحول عظیم
در تشخیص مولکولی میکروارگانیسمها، بررسی بیان ژنها، ارزیابی درمان، تشخیص جهشها، افتراق آللی و بسیاری از
کاربردهای دیگر شده است. همچنین این روش در تشخیص چندشکلیهای ناشی از جهشهای تک نوکلئوتیدی (SNP)
کاربرد دارد (Klein, 2002) .
تمامی اصول و واکنشگرهایی که برای یک PCR معمولی موردنیاز است؛ در PCRReal time هم بکار میرود اما
یک گزارشگر فلورسنت نیز در واکنش حضور دارد. این گزارشگرها بهگونهای طراحی میشوند که در صورت تکثیر محصول،
نور تولید کنند. لذا افزایش شدت نور ثبتشده در دستگاه با میزان محصول بهدستآمده نسبت مستقیم دارد. معمولاً اگر واکنشبهینهسازی شده باشد، در 8 تا 11 چرخه ابتدایی تغییر چندانی در شدت فلورسنت دیده نمیشود. که به این ناحیه، خط پایهگویند. ولی در ادامه، شدت فلورسنت افزایش مییابد. مقدار سیگنال تولیدی در ابتدای مرحله دوم بهصورت نمایی افزایش
مییابد و زمانی که تکثیر از فاز نمایی به سمت فاز خطی پیش میرود، تعداد مولکولهای پلیمراز محدود میشوند و کمکم
واکنش Real time PCR به اتمام میرسد 2006) ,et al.(Kubista . بهطورکلی Real time PCR چند مرحله دارد:
فاز اول (Linear ground): باوجوداینکه محصول دو رشتهای وجود دارد ولی نور آن قابلردیابی نیست.
فاز دوم (Early exponential) : محصول دو رشتهای در هر چرخه دو برابر میشود و رشد نمایی مربوط به واکنش شروع
میشود و میزان فلورسنس بهطور عمدهای نسبت به فاز اول افزایش مییابد.
فاز سوم linear)-(Log : ترکیبات واکنش و کارایی آنها رو به اتمام است.
فاز چهارم (Plateau) : ترکیبات و کارایی آنها از بین میروند و افزایش در میزان فلورسنت مشاهده نمیشود ,(

بیماری برونشیت عفونی یکی از بیماری های ویروسی بسیار عفونی و شایع طیور م یباشد. در اين مطالعه به منظور درك بهتر شبكه تنظيمی درگير در بیماری برونشیت عفونی، در ابتدا ژن های با بيان بالا و مشابه با استفاده از تجزيه و تحليل داده های یک مطالعه RNA-Seq در چهار حالت متفاوت شامل مقایسه ی بافت طحال جوجه های مبتلا به برونشیت با جوجه های سالم با غلظت پایین سرم مانوز باند شده با لکتین در سن یک هفتگی و سه هفتگی و مقایسه ی بافت طحال جوجه های مبتلا به برونشیت با جوج ههای سالم با غلظت بالای سرم مانوز باند شده با لکتین در سن یک هفتگی و سه هفتگی شناسایی شد. سپس توالی پروموتری اين ژ نها جهت شناسايی فاكتو رهای رونويسی کاندید درگیر در این مکانسیم استخراج شد. نتایج تجزیه و تحلیل پروموتری با استفاده از نرم افزار Genomatix منجر به شناسایی 61 فاکتور رونویسی کاندید جدید احتمالی مؤثر در مراحل تنظیمی برونشیت عفونی گردید. افزون بر این، به منظور مصورسازی شبکه های تنظیمی شامل فاکتورهای رونوویسی که ژن های مورد نظر را تنظیم می کنند از نرم افزار Cytoscape استفاده شد. بر اساس نتایج، 61 فاکتور رونویسی کاندید جدید معرفی شده در این مطالعه دارای پتانسیل مناسبی برای بررسی بیشتر در سطح آزمایشگاهی م یباشند و می توانند اطلاعات جدیدی را در درک بهتر شبکه ی تنظیمی مؤثر در بیمار برونشیت عفونی طیور فراهم کنند.