محیـط بـه دو صـورت مـی توانـد بـر روی ژنـوم تاثیـر داشـته باشـد، یکــی مربــوط بــه تاثیــر محیــط بــر ســاختار ژنــوم اســت کــه شــامل جهــش هــای تــک نوکلئوتیــدی مــی باشــد و دیگــری مربــوط بــه تاثیــر محیــط بــر بیــان ژن اســت. تاثيــر محيــط بــر تغييــر بيــان ژن دو صــورت ”عكــس العمــل محــدود“ و ”عكــس العمــل پايــدار“ قابـل تقسـيم اسـت. برخـی تغییـرات ایجـاد شـده در بیـان ژن موثـر از عوامــل محیطــی بــرای مــدت طوالنــی در غیــاب عامــل القایــی در حافظـه سـلول پایـدار مـی مانـد کـه ایـن دسـته از تغییـرات مربـوط بـه تغییـرات اپـی ژنتیکـی مـی باشـد كـه مـي تواننـد در بـروز صفـات مختلــف و پــي آمدهــاي فــردي و اجتماعــي آن و نيــز ويژگــي هــاي رفتــاري موثــر باشــد. واژه اپــی ژنتیــک بــه فرایندهــای مختلفــی اشــاره دارد کــه اثــر طوالنــی مدتــی از الگــوی بیــان ژن بــدون تغییــر در توالــی ژن دارد. کنتـرل فراینـد اپـی ژنتیـک مربـوط بـه متیالسـیون DNA ،تغییـرات هیسـتونی، تغییـر وضعیـت کروماتینـی و miRNA مـی باشـد. تمایـز سـلولی توسـط مکانیسـم هـای اپـی ژنتیکـی شـروع و حفـظ می شـود. بــا وجــود اینکــه عالئــم اپــی ژنتیکــی در اوایــل فراینــد نمــو پدیــدار مــی شــوند ولــی مــی توانســتند در طــول زندگــی فــرد در پاســخ بــه تحریــکات محیطــی آداپتــه شــوند و حتــی مــی تواننــد سرمنشــا بسـیاری از بیمـاری هـا و سـرطان هـای در اواخـر زندگـی افـراد شـوند. مطالعـات اولیـه اپـی ژنتیکـی مربـوط بـه اوایـل قـرن 20 مـی باشـد کـه مکانیسـم هـای فرانیـد نمـو جنینـی را در زمینـه بیولـوژی رشـد و نمـو مـورد مطالعـه قـرار داد. در حـال حاضـر مطالعـات زیـاد روی SNP بـه منظور شناسـایی فنوتیپ هـای مطلـوب بـا هـدف بهبـود صفـات مهمـی نظیـر راندمـان غذایـی، افزایـش وزن و بهبـود صفـات مربـوط به الشـه در دام انجام شـده اسـت )2014., al et Santana )کـه منجـر بـه پدیـدار شـدن زمینـه جدیـدی از مطالعــات عملکــردی بــه نــام GWAS شــده اســت کــه ایــن نــوع مطالعــات بــه کمــک مارکرهــای زیــادی مــی توانــد تفــاوت هــای فنوتیپــی بیــن حیوانــات را توصیــف کنــد. تکنولــوژی هــای وســیع ژنومـی کـه در سـال هـای اخیـر ظهـور پیـدا کـرده انـد بـه سـرعت جایگزیـن ژن هـای کاندیـد جهـت رسـیدن بـه اپیدمیولـوژی ملکولـی شــده اســت و یــک اســتراتژی نــا اریــب و منظمــی را در مطالعــات اپـی ژنتیکـی در انسـان پیشـنهاد مـی کنـد. این اسـتراتژی بـا GWAS لینـک شـده و بیـش از 800 واریانـس ژنتیکـی مرتبـط بـا 150 بیماری یـا فنوتیـپ را مشـخص کـرده اسـت. واریانـس DNA شناسـایی شـده از طریــق GWAS کمتــر از %30 واریانــس فنوتیپــی مــی باشــد، هــر چنـد کـه ایـن واریانـس تـا حـدودی غیـر قابـل تخمیـن اسـت ولـی فــرض مــی شــود کــه بــه ژنوتیــپ بســتگی نــدارد )and Langevin 2013, Kelsey .) Kelsey and Langevin در ســال 2013 رویکــرد جدیــدی از GWAS َمیکـس )omics )در ارتبـاط اسـت کـه بـا تکنولـوژی هـای مرتبـط بـا ا را بــرای مطالعــات جامــع بــا هــدف شــناختن فنوتیــپ هــا پیشــنهاد دادنــد کــه هدفشــان شناســایی تغییراتــی ژنومــی بــه غیــر از تغییــر در توالــی DNA بــود. بنابرایــن مطالعــات اپــی ژنتیکــی مربــوط بــه شناســایی تغییــرات ســطح ژنــوم اســت کــه مــی تــوان بــه عنــوان مثـال بـه تاثیـر خشکسـالی بـر مـادران بـاردار در انسـان اشـاره کـرد. مادرانــی کــه در دوران بــاردی و شــیردهی تحــت شــرایط گرســنگی شــدیدی قــرار گرفتــه بودنــد فرزنــدان و حتــی نــوه هــای آن هــا پــس از تولــد دارای مشــکالت ســامتی بودنــد کــه مشــابه چنیــن الگویــی در ســایر پســتانداران ماننــد گاو نیــز مشــاهده شــده اســت )2012., al et Recio-González .) بنابرایــن در دوران تکنولــوژی هــای پیشــنهاد شــده مربــوط َمیکــس EWAS مــی توانــد فاصلــه بیــن اطالعــات بــه ا ژنومــی و اطالعــات عملکــردی را پــر کنــد. در مقایســه بــا مطالعــات ژنومــی، EWAS موقعیــت هــای اپــی ژنتیکــی را در لوکـوس هـای مختلـف شناسـایی کـرده و در نهایـت ارتبـاط تغییـرات اپـی ژنتیکـی را بـا صفـات ازیابـی مـی کنـد. از مهـم تریـن عوامـل کنتـرل اپـی ژنتیـک مربـوط بـه عوامـل تغییـر دهنـده ی آرایـش کروماتیـن، متیالسـیون DNA ،تغییـرات هیسـتونی ســاختار هســته و RNA coding-non هــا مــی باشــند کــه فراینــد رونویسـی را تحـت تاثیـر قـرار مـی دهـد.