بسیاري از عوامل بیمـاریزا در سیتوپلاسـم سـلولهاي آلـوده شـده میزبـان تکثیـر مییابند. این عوامل بیماریزا شامل گروههایی هستند که یـا در سـایتوزول مسـتقر میشوند و یا اینکه داراي توانایی رشد در داخـل انـدوزوم مـیباشـند. در هـر دو حالت این باکتریها از دسترس آنتی بادي ها دور بوده و باید بـه کمـک روشـهاي دیگر از قبیل فاگوسیتوز و ایمنی سلولی کشته شوند. 1 -فاگوسیتوز: با وجود آنکه، فاگوسیتوز از نظر فیلوژنی جایگاه بسـیار قـدیمی دارد ولی هنوز بعنوان یکی از مهمتـرین مکـانیزمهـاي دفـاعی در مقابـل عفونـت میکروبی باقی مانده است. بعضـی از گونـههـاي باکتریهـا نظیـر اسـترپتوکوکوس پنومونیه و نیسریا مننژیتیدیس کپسولهاي پلی ساکاریدي تکامل یافتهاي دارند کـه به آنها کمک میکند کـه در برابـر بلعیـده شـدن توسـط سـلولهاي بیگانـه خـوار مقاومت کنند. برخی دیگر از باکتریها به زندگی کـردن در داخـل سـلول سـازگار شدهاند و سرعت ورود خود را به سلولهاي میزبان با اتصال به گیرندههاي محرك فاگوسیتوز افزایش میدهند. بطور مثال اینوسین پروتئین غشاي خـارجی یرسـینیا سدو توبرکلوزیس، روند فاگوسیتوز و در نتیجه ورود باکتري را بداخل سـلولهاي میزبان تحریک میکند. به همین صـورت دیگـر باکتریهـاي داخـل سـلولی نظیـر لژیونلا مایکوباکتریوم، بردتلا نیز به گیرنده سه کمپلمان CR3 که تشابه به زیادي در توالی باگیرندههاي اینوسین دارد، متصل میشوندتعداد اندکی از باکتریهاي گرم منفی نظیر بارتو نلا با سیلیفر میس، از اریتروسـیت ها بعنوان سلول میزبان استفاده میکنند. اریتروسیت ها ایـن باکتریهـا را از اثـرات سیستم ایمنی هومورال محافظت کرده و همچنین فاقـد سیسـتمهاي دفـاعی ضـد میکروبی داخل سلولی مانند لیزوزوم میباشـند. بـا ورود بـاکتري بـداخل سـلول میزبان، باکتري باید با محیط نا امن خطـر نـاك فـاگوزوم مقابلـه کنـد. بعضـی از گونـههـاي باکتریهـا در داخـل فـاگوزوم بـاقی مانـده در حالیکـه عـدهاي نظیـر لیستریامنوساتیوژن و گونههاي شیگلا از داخل فاگوزوم به ساتیوزول میگریزنـد. این باکتریها براي زندگی داخل فاگوزوم تخصص یافتهاند کـه یـا بـا مهـار ادغـام فاگوزوم به لیزوزوم از کشته شدن فرار میکنند (نظیر مایکوباکتریوم توبرکلوریس و لژیونلاپنوفیلیا) و یا نظیر کوکسیلا بر نتی با محیط نا امن فاگوزوم سازگار شـده اند. ماکروفازها طی فاگوستیوز با ترشح ساتیوکاینهـاي التهـابی انـدوتلیوم عـروق را فعال ساخته و سبب ایجاد تب و رها شدن پروتئینهاي مرحلـه حـاد مـیشـوند. TCD 8 سـلولهاي + , Th1 و NK بـا ترشـح گامـا اینترفـرون بـه فعـال شـدن ماکروفاژها کمک میکنند. فعـال شـدن ماکروفاژهـا، موجـب افـزایش چشـمگیر انفجـار تنفسـی و تولیـد متابولیتهاي سمی اکسیژن (اکسیژن – آب اکسیژنه) و نیتروژن (نیتریک اکسـاید، نیتریت و نیترات) میشود. فعال شدن ماکروفاز میزان ادغام فاکوزوم و لیزوزوم رنیز افزایش میدهد. همه این اثرات با یکدیگر به کشـتن باکتریهـاي نظیـر مـایکو باکتریوم در داخل فاگوزوم ماکروفاژها کمک میکنند. ماکروفاژهایی کـه میزبـان باکتریهـاي بـا قـدرت سـازگاري زیـاد هسـتند، بطـور پیشروندهاي توانایی فعال شدن را از دست میدهند و در نهایت قادر به پاکسـازي عفونت نخواهند بود. در طی چنین عفونتهاي مزمن، ماکروفاژهاي آلوده با لایـه ایی از لنفوسیت ها و ماکروفاژها محصور میشوند که به آن بافـت گرانولومـاتوز میگویند. از دیگر اثرات فعال شدن ماکروفاژها، افزایش بـروز MHC کـلاس دو -1 B7 و مولکول کمک تحریکی سلول T نظیر (CD80 (میباشـد کـه بـه آنهـا توانایی فعال سـاختن لنفوسـیتهـاي +4 TCD مبتـدي را مـیدهـد. عـلاوه بـر سایتوکاین و ترکیبات التهـابی، ماکروفاژهـاي فعـال شـده چنـدین سـایتوکاین و ترکیبات محلول دیگري نظیر 12 – 1L نیز ترشح میکنند کـه سـلولهاي T فعـال شده را به سمت Th1 سوق میدهد.

منظور از داروهای ضد باکتریایی ، داروهایی است که بر علیه عوامل بیماری زا استفاده می شوند این داروها ممکن است منشاء طبیعی داشته باشند و یا ممکن است منشاء سنتیک داشته باشند و یا حتی نیمه سنتیک باشند. آنهایی که منشاء طبیعی دارند عموما منشاء آنها قارچ ها هستند. به داروهای ضد باکتری که از محیط کشت یک موجود زنده مثل قارچ به دست می آید و بر علیه موجودات زنده دیگری یعنی باکتری های بیماری زا به کار می رود آنتی بیوتیک می گویند ، یعنی کلمه آنتی بیوتیک این دسته از داروهای ضدباکتری را دربر می گیرد ولی بسیاری از اوقات پیش می آید که از واژه ی آنتی بیوتیک به طور تنها استفاده می شود بدون اینکه منشاء دارو را مشخص کنیم اما هم اکنون می دانیم که آنتی بیوتیک دارویی را در بر می گیرد که منشاء آن حتما طبیعی است. اولین آنتی بیوتیک که ساخته شد، پنی سیلین می باشد. به طور کلی می توان گفت داروهای ضد باکتری = داروهای آنتی بیوتیک.