1 -بیگانگی: حیوانات معمولاً علیه آنتـی ژنهـاي خـودي عکـس العمـل نشـان نمیدهند. بطور مثال، چنانچه آلبـومین سـرم خرگـوش را بـه خرگـوش دیگـري تزریق نمایند، خرگوش گیرنده، هیچ پاسخی علیه آن ایجاد نمیکند. در صورتیکه تزریق سرم خرگوش به خوکچه هندي باعـث تحریـک سیسـتم ایمنـی و ایجـاد پاسخ علیه آن خواهد شد. بدین معنی که لنفوسیتهاي هر فرد در حالت سلامت توسط مولکولهایی که اجزاي ساختمانی بدن همان فرد را تشکیل مـیدهنـد و یـا شباهت کامل با آن دارند تحریک نشده و لذا پاسخی علیه آنها ایجـاد نمـیکننـد. بنابراین یکی از مشخصات و یا خصوصیات لازم براي ایمونوژن بودن یک مـاده، بیگانه بودن آن ماده براي سیستم ایمنی بدن است. یکی از فرضیههایی کـه علـت مهار این سلولها و تحمل ایجاد شده نسبت به آنتـی ژنهـاي خـودي را توضـیح میدهد به این صورت است که سلولهاي مزبور در زمانیکه از نظر تکاملی نارس 31 بوده اند، در معرض آنتی ژنهاي خودي قرار گرفته و در نتیجـه نسـبت بـه آنهـا دچار تولرانس شده اند. ایمنی زایی یک مولکول نـه تنهـا بـه بیگـانگی آن رابطـه دارد، بلکه با درجه بیگانگی نیز نسبت مستقیم دارد. هرچه اختلاف بـین آنتـی ژن بیگانه و آنتی ژنهاي خودي میزبان بیشتر باشد، پاسخ ایمنی ایجاد شده شـدیدتر خواهد بود. بنابراین، چنانچه آلبومین سرم خرگوش را به حیوانی با فیلوژنی بالاتر مثل بز و یا اسب تزریق کنند، پاسخ ایمنی ایجـاد شـده بمراتـب بیشـتر از زمـانی است که به خوکچه هندي تزریق شده بود. در بدن مولکولهایی نیز وجود دارد که در حالت طبیعی از دید سیسـتم ایمنـی مخفـی بـوده، لـذا بعنـوان خـودي تلقـی نمیشوند. آنتی ژنهاي عدسـی چشـم و اسـپرماتوزوییدها، از ایـن نـوع بـوده و چنانچه در اثر آسیب بافتی در معرض سیستم ایمنی قـرار گیرنـد، بعنـوان بیگانـه تلقی شده و علیه آن پاسخ ایمنی بوجود میآید.

2 -اندازه مولکولی: معمولاً مولکـولهـاي بـزرگ در مقایسـه بـا مولکـولهـاي کوچک، آنتی ژنهاي بهتري هستند. هموسیانین، مولکول بسیار بزرگ از خون بی مهرگان با وزن مولکولی 6700 کیلودالتـون، آنتـی ژن قـوي محسـوب مـیشـود. آلبومین سایر پستانداران با وزن مولکولی 60 کیلودالتون نیز آنتی ژن خوبی اسـت ولی ممکن است باعث ایجاد تحمل(تـولرانس) شـود. هـر چنـد نمـیتـوان وزن مولکولی دقیقی براي مرز ایمونوژن بودن تعیین کرد ولی ماده باید از حـداقل وزن مولکولی برخوردار باشد. حداقل وزن مولکولی لازم 1000 دالتون است بطوریکـه مـواد بـا وزن مولکـولی کمتـر از آن مثـل پنـی سـیلین، آسـپیرین و پروژسـترون 32 ایمونوژن نیستند. مواد با وزن مولکولی بین 1000 تا 6000 دالتون مثل آنسولین و هورمون آدرنوکورتیکوتروپیک حالت بینابینی داشته و مواد با وزن بالاتر از 6000 دالتون مثل آلبومین و توکسین کزاز بطور کلی ایمونوژن میباشند.

3 -پیچیدگی ساختمان شیمیایی: سومین مشخصه لازم براي ایمونوژن بودن یک ماده، درجه پیچیدگی ساختمان شیمیایی است. اکثر ایمونوژنها، مواد آلـی هسـتند که منشاء آنها میکروارگانیزم ها، انگـل هـا، حیوانـات و گیاهـان مـیباشـد. مـواد مصنوعی نیز در شرایط مناسب میتوانند باعث بروز پاسخهـاي ایمنـی شـوند. در همه موارد هر چه درجه پیچیدگی شیمیایی بیشتر باشد، آن ماده ایمونوژن بهتـري خواهد بود. نشاسته و سایر پلی ساکاریدهاي ساده تکـرار شـونده، آنتـی ژنهـاي ضعیفی هستند، در حالیکه لیپوپلی ساکاریدهاي پیچیـده باکتریهـا، آنتـی ژنهـاي خوبی محسوب میشوند. بطور مثال پلی مري از اسیدآمینه لیزین با وزن مولکولی 30 کیلودالتون، ایمونوژن خوبی نخواهد بود، ولی چنانچـه تعـدادي از اسـیدآمینه لیزین با اسیدآمینه دیگري تعویض شود، مـاکرومولکول جدیـد بوجـود آمـده، از ایمونوژنیسیته بهتري برخوردار خواهد بود. اگر رشته پلی پپتیـدي از چنـد اسـید آمینه غیرتکراري مثل لیزین، آلانین، آرژنین تشکیل شده باشد، این پلی مر جدیـد نسبت به دو پلی مر قبلی ایمونوژن بهتري خواهد بود. به همین ترتیب اگـر یـک پلی مراز واحدهاي غیرتکراري اسیدآمینههاي خطـی بـا حضـور اسـیدآمینههـاي حلقوي مثل تیروزین و هیستیدین تشکیل شده باشد، در مقایسه با پلـی مـرهـاي قبلی از لحاظ ایمونولوژیک قوي تر خواهد بود. بدلیل مشابه، پروتئینهاي پیچیده 33 مانند پروتئینهاي سرم در مقایسه با پلی مرهاي بزرگ تکرار شونده مانند چربـی ها، کربوهیدراتها و اسیدهاي نوکلئیک، آنتی ژنهاي بهتري خواهند بـود. در بـین مواد آلی، پروتئینها بیشتر از سایر مواد آلی قدرت تحریک سیستم ایمنی را داشـته و واکـنش قـوي و بـادوامی را در دو بـازي ایمنـی هومـورال و سـلولی بوجـود میآورند. اگزوتوکسین باکتریها و قارچها از لحـاظ شـیمیایی سـاختمان پروتئینـی داشته و براحتی توسط سیستم ایمنی شناسایی و علیه آن آنتـی بـادي اختصاصـی بوجود میآید. از مواد کربوهیدراتی، مونوساکاریدها و دي ساکاریدها فاقد قدرت ایمونوژنیسیته بوده در حالیکه پلی ساکاریدها قادر بـه تحریـک سیسـتم ایمنـی و ایجاد پاسخ ایمنـی اختصاصـی مـیباشـند. کپسـول بسـیاري از باکتریهـا از پلـی ساکاریدها، تشکیل یافته و آنتی بادي تولیـدي علیـه آن سـهم زیـادي در دفـاع و پاکسازي بدن از عفونت دارد.

4 -استعداد ژنتیکی میزبان: آنتی ژنهاي پلـی سـاکاریدي بـراي انسـان و مـوش ایمنی زاست ولی براي خرگوش فاقد قدرت فـوق مـیباشـد. چنانچـه پلـی- ال لیزین به خوکچه هندي نژاد 2 تزریق شود براحتی باعث تحریک سیستم ایمنی و ایجاد پاسخ میشود، در حالیکه نژاد 13 حیوان فاقد توانایی فـوق مـیباشـد. ایـن خاصیت در جمعیتی از موشهاي غیرهمزاد نیز مشـاهده شـده اسـت. بطوریکـه تعدادي از این موشها بخوبی به گلبولهاي قرمز گوسفند پاسخ میدهند، ولی عده اي دیگر از آنها پاسخ ضعیفی ایجاد میکنند. در این رابطه یکـی از محققـان بنـام Biozzi با پرورش انتخابی توانست دو گونه از موشهاي با قـدرت پاسـخ دهـی 34 1 بالا و کم 2 ایجاد کند. تفاوت ایـن دوگونـه مربـوط بـه نحـوه عمـل ماکروفاژهـا میباشد. ماکروفاژهاي متعلق به موشهاي گونه بـا قـدرت پاسـخ دهـی زیـاد، از فعالیت لیزوزمی کمتري برخوردار بوده و در نتیجه در مقایسـه بـا ماکروفـاژهـاي متعلق به موشهاي گونه با قدرت پاسخ دهی کم به تعداد بیشتري از آنتی ژن هـا اجازه تداوم و در نتیجه تحریک سیستم ایمنی را میدهند. همچنین ماکروفاژهاي متعلق به موش گونه بـا پاسـخ دهـی کـم، توانـایی بیشـتري در انهـدام ارگـانیزمهـاي داخـل سـلولی نظیـر سـالمونلا تیفوموریـوم، مایکوباکتریوم بـویس، ولیشـمانیا دنـووانی دارنـد. لوکـوس ژنـی مسـئول ایجـاد مقاومت یا حساسیت نسبت به این میکروارگانیزم ها بر روي کروموزوم شماره 1 موش قرار دارند.

5 -راه ورود آنتی ژن: پاسخ میزبان به یک آنتی ژن به مقدار و راه ورود آنتی ژن نیز بستگی دارد. بدین معنی که ممکن است تزریق داخـل وریـدي مقـدار معینـی آنتی ژن باعث پاسخ نشود، ولی چنانچه همراه با ادجوانت و از طریق زیرجلـدي تزریق شود تولید و ترشح آنتی بادي را باعث میشـود. ورود آنتـی ژن از طریـق درون جلدي یا زیرجلدي بهترین نحوه مواجهه براي بروز پاسخ قلمداد میشـود. ورود آنتی ژن از طریق وریدي یا خوراکی عموماً میتواند به تولرانس منجر شود. مقدار آنتی ژن نیز در میزان ایجاد پاسخ موثر است، بطور کلی بـا افـزایش مقـدار آنتی ژن، میزان پاسخ ایمنی نیز افرایش مییابد. لیکن ممکن است چنانچـه مقـدارآنتی ژن از حد مشخصی تجاوز کند، نه تنها باعـث افـزایش پاسـخ نشـود، بلکـه باعت بروز پدیده تولرانس ایمونولوژیک شود.