گـاهی افـراد تمـام پیکـره بـاکتري، ویروس و یا هر میکروارگانیزم دیگري را بعنوان آنتی ژن میشناسـند. در حالیکـه ناحیه اتصال آنتی ژنی در آنتی بادیها(پاراتپ) یا گیرندههاي سطحی لنفوسیتهاي B ،مکمل یک ارگانیزم کامل نیست، بلکه اغلب مکمل یک شاخص منحصر بفرد آنتی ژنیک با اندازه و مولکول مشخصی است. بنابراین هرگاه آنتی باديهایی کـه علیه یک مولکول ایمونوژن سم کزاز تولید شد را مورد بررسی قرار دهیم متوجـه میشویم که علیه توکسین فوق، آنتی باديهاي مختلف در بدن تولید شده که هـر کدام به یک قسمت خاصی از مولکول سم کزاز متصل میشوند. قطعات خاصـی کـه در طــول زنجیـره مولکـول یــک ایمونـوژن توسـط گیرنـدههــاي ســطحی لنفوسیتهاي B,T شناسایی میشود، اپی تپ و یا شاخص آنتی ژنیک مـینامنـد. اندازه یک اپی تپ که با پاراتوپ متصل میشـود، حـدود 7-5 اسـید آمینـه و یـا تقریباً برابر 35×12×7 انگستروم است. در زنجیره پلی پپتیدي پروتئین ها، بعضی از اپـی تـپ هـا از یـک ردیـف اسیدآمینه مختلف، منظم، مرتب و متصل بوجود آمده اند. چنانچه ساختمان اولیـه و سه بعدي اپی تپ بعلت به هم خوردن نظم و ترتیب اسیدآمینه ها، تغییـر کنـد، آنتی بادي اختصاصی تولیـدي قـادر بـه شناسـایی و اتصـال بـه اپـی تـپ تغییـر 1 - Epitope 2 - Anti genic determinant 36 ساختمان یافته نمیباشند. به اینگونه اپی تپ ها، که در پروتئینهـاي رشـتهـاي مثل کلاژن، الاستین، کراتین و پروتئینهاي کروي مثـل هموگلـوبین، میوگلـوبین، اگزوتوکسین و آنزیم ها وجود دارد، اپی تـپهـاي پیوسـته مـیگوینـد. بعبـارتی شاخصهاي آنتی ژنیـک یـک مولکـول را برمبنـاي اینکـه از ردیـف اسـیدهـاي آمینه(ساختمان اول) تشکیل شده و یا بواسطه شکل فضایی خاص مولکول ایجاد شده باشد، به شاخصهاي ترتیبی یا پیوسته و شاخصهاي شکلی(ناپیوسته) طبقه بندي میکنند. زنجیره مولکولی در پروتئین بصورت یـک رشـته و الیـاف طویـل مستقیم نبوده بلکه به صورت کلاف نخ پیچ و تاب خورده است. یعنی اینکه اپـی تپهاي ناپیوسته از تجمع و کنار هم قرار گرفتن چندین اسید آمینه کـه در نقـاط مختلف زنجیره مولکولی قرار دارند بوجود میآید. آلبومین سـرم انسـان یکـی از مولکولهایی است که داراي هر نوع اپی تپ پیوسته و ناپیوسته میباشد. مطلـب را بدین صورت نیز میتوان بیان نمود که اپی تپ ناپیوسته از اسیدآمینههایی تشکیل یافته که از نظر ردیف(ساختمان اولیه پروتئین) از یکدیگر فاصله داشته ولی بدلیل شکل فضایی پروتئین(ساختمان سوم) در کنار یکدیگر قرار گرفته اند. آنتی بـادي علیه آنتی ژن ممکن است علیه شاخص شکلی و یا ترتیبی تولید شود. در اغلـب پروتئینهاي کروي و اسیدهاي نوکلئیک طبیعی، شاخصهاي آنتی ژنیـک از نـوع شکلی و در اغلب پلیساکاریدها، پروتئینهاي رشتهاي و اسـیدهـاي نوکلئیـک تک رشتهاي شاخص ها از نوع ترتیبی میباشند. بطور کلی تعداد و تنـوع اپـی تپ ها در یک آنتی ژن، عامل قدرت و توانایی در ایجاد پاسخ ایمنـی مـیباشـند. هر چه تعداد اپی تپهاي یک ایمونـوژن زیـادتر و تنـوع و گونـاگونی آن بیشـتر باشد، شدت و یا دامنـه یـک واکـنش ایمنـی در مقابـل آن زیـادتر خواهـد بـود. مولکولهاي بزرگ معمولا از تعداد اپی تپ بیشتري برخـوردار بـوده لـذا قـدرت ایمنی زایی بیشتري دارند. یک ایمونوژن ممکن اسـت هـم داراي اپـی تـپهـاي اختصاصی خود و هم داراي اپی تپهاي مشترك با ایمونوژن دیگر باشد. با توجه به اینکه همه شاخصهاي آنتی ژنیک یک مولکول آشکار و قابـل دسترسی نمیباشند، بنابراین برخی از این اپـی تـپ هـا از ایمنـی زایـی بیشـتري برخوردار بوده و بعضی در حالت نهفتگی بسر میبرند. بدین ترتیب شاخصهاي آنتی ژنیک را به شاخصهاي فعال و پنهان طبقه بندي نموده و به مجموع آن دو، ظرفیت کلی میگویند. لذا، یک فرد ممکن است نسـبت بـه برخـی شـاخص هـا دچار تولرانس شده و در مقابل بعضی شاخص ها پاسخ ایمنی ایجاد کنـد کـه بـه ص این حالت غالبیت ایمنی زایی 1 در شاخ هاي آنتی ژنیک میگویند.