اگر میکروارگانیزمهاي مهاجم از سدهاي فیزیکی و شیمیایی مختلف عبور نمایند، خط دوم دفاعی یعنی سلولهاي تخصص یافته جهت نـابودي هـدف وارد عم ـل مــیشــوند. اندس ـیتوز و فاگوس ـیتوز، دو نــوع از مکانیسـمهــاي ایمنـی غیراختصاصی، با فرو بردن ماکرومولکولها و سلولهاي خارجی منجر به تخریب و حذف داخـل سـلولی آنهـا مـیگردنـد. در هـر دو روش، بلـع ماکرومولکولهـاي خارجی منجر به ایجاد وزیکولهاي اندوسیتی گردیده که مملو از عوامـل خـارجی میباشند. سپس وزیکولها به اجزاء حاوي PH اسیدي، بنـام انـدوزوم هـا متصـل میشوند. متعاقباً اندوزوم ها به لیزوزوم ها که حاوي آنزیمهاي تجزیه کنندهاي ازقبیل نوکلئازها، لیپازها، و پروتئازها میباشند، اتصال یافتـه و مـواد درون آنهـا بـه فرآوردههاي سادهاي همچون نوکلئوتیدها، قندها و پپتیدها شکسته میشود. 

گـاهی افـراد تمـام پیکـره بـاکتري، ویروس و یا هر میکروارگانیزم دیگري را بعنوان آنتی ژن میشناسـند. در حالیکـه ناحیه اتصال آنتی ژنی در آنتی بادیها(پاراتپ) یا گیرندههاي سطحی لنفوسیتهاي B ،مکمل یک ارگانیزم کامل نیست، بلکه اغلب مکمل یک شاخص منحصر بفرد آنتی ژنیک با اندازه و مولکول مشخصی است. بنابراین هرگاه آنتی باديهایی کـه علیه یک مولکول ایمونوژن سم کزاز تولید شد را مورد بررسی قرار دهیم متوجـه میشویم که علیه توکسین فوق، آنتی باديهاي مختلف در بدن تولید شده که هـر کدام به یک قسمت خاصی از مولکول سم کزاز متصل میشوند. قطعات خاصـی کـه در طــول زنجیـره مولکـول یــک ایمونـوژن توسـط گیرنـدههــاي ســطحی لنفوسیتهاي B,T شناسایی میشود، اپی تپ و یا شاخص آنتی ژنیک مـینامنـد. اندازه یک اپی تپ که با پاراتوپ متصل میشـود، حـدود 7-5 اسـید آمینـه و یـا تقریباً برابر 35×12×7 انگستروم است. در زنجیره پلی پپتیدي پروتئین ها، بعضی از اپـی تـپ هـا از یـک ردیـف اسیدآمینه مختلف، منظم، مرتب و متصل بوجود آمده اند. چنانچه ساختمان اولیـه و سه بعدي اپی تپ بعلت به هم خوردن نظم و ترتیب اسیدآمینه ها، تغییـر کنـد، آنتی بادي اختصاصی تولیـدي قـادر بـه شناسـایی و اتصـال بـه اپـی تـپ تغییـر 1 - Epitope 2 - Anti genic determinant 36 ساختمان یافته نمیباشند. به اینگونه اپی تپ ها، که در پروتئینهـاي رشـتهـاي مثل کلاژن، الاستین، کراتین و پروتئینهاي کروي مثـل هموگلـوبین، میوگلـوبین، اگزوتوکسین و آنزیم ها وجود دارد، اپی تـپهـاي پیوسـته مـیگوینـد. بعبـارتی شاخصهاي آنتی ژنیـک یـک مولکـول را برمبنـاي اینکـه از ردیـف اسـیدهـاي آمینه(ساختمان اول) تشکیل شده و یا بواسطه شکل فضایی خاص مولکول ایجاد شده باشد، به شاخصهاي ترتیبی یا پیوسته و شاخصهاي شکلی(ناپیوسته) طبقه بندي میکنند. زنجیره مولکولی در پروتئین بصورت یـک رشـته و الیـاف طویـل مستقیم نبوده بلکه به صورت کلاف نخ پیچ و تاب خورده است. یعنی اینکه اپـی تپهاي ناپیوسته از تجمع و کنار هم قرار گرفتن چندین اسید آمینه کـه در نقـاط مختلف زنجیره مولکولی قرار دارند بوجود میآید. آلبومین سـرم انسـان یکـی از مولکولهایی است که داراي هر نوع اپی تپ پیوسته و ناپیوسته میباشد. مطلـب را بدین صورت نیز میتوان بیان نمود که اپی تپ ناپیوسته از اسیدآمینههایی تشکیل یافته که از نظر ردیف(ساختمان اولیه پروتئین) از یکدیگر فاصله داشته ولی بدلیل شکل فضایی پروتئین(ساختمان سوم) در کنار یکدیگر قرار گرفته اند. آنتی بـادي علیه آنتی ژن ممکن است علیه شاخص شکلی و یا ترتیبی تولید شود. در اغلـب پروتئینهاي کروي و اسیدهاي نوکلئیک طبیعی، شاخصهاي آنتی ژنیـک از نـوع شکلی و در اغلب پلیساکاریدها، پروتئینهاي رشتهاي و اسـیدهـاي نوکلئیـک تک رشتهاي شاخص ها از نوع ترتیبی میباشند. بطور کلی تعداد و تنـوع اپـی تپ ها در یک آنتی ژن، عامل قدرت و توانایی در ایجاد پاسخ ایمنـی مـیباشـند. هر چه تعداد اپی تپهاي یک ایمونـوژن زیـادتر و تنـوع و گونـاگونی آن بیشـتر باشد، شدت و یا دامنـه یـک واکـنش ایمنـی در مقابـل آن زیـادتر خواهـد بـود. مولکولهاي بزرگ معمولا از تعداد اپی تپ بیشتري برخـوردار بـوده لـذا قـدرت ایمنی زایی بیشتري دارند. یک ایمونوژن ممکن اسـت هـم داراي اپـی تـپهـاي اختصاصی خود و هم داراي اپی تپهاي مشترك با ایمونوژن دیگر باشد. با توجه به اینکه همه شاخصهاي آنتی ژنیک یک مولکول آشکار و قابـل دسترسی نمیباشند، بنابراین برخی از این اپـی تـپ هـا از ایمنـی زایـی بیشـتري برخوردار بوده و بعضی در حالت نهفتگی بسر میبرند. بدین ترتیب شاخصهاي آنتی ژنیک را به شاخصهاي فعال و پنهان طبقه بندي نموده و به مجموع آن دو، ظرفیت کلی میگویند. لذا، یک فرد ممکن است نسـبت بـه برخـی شـاخص هـا دچار تولرانس شده و در مقابل بعضی شاخص ها پاسخ ایمنی ایجاد کنـد کـه بـه ص این حالت غالبیت ایمنی زایی 1 در شاخ هاي آنتی ژنیک میگویند. 

یمونوبیولوژي پیوند بـه لحـاظ درك فرآینـدهاي ایمونولوژیـک و هـم از جهت گسترش انواع پیوند حائز اهمیت است. در سالهاي اخیـر پیونـد اعضـاء از یک فرد به فرد دیگر براي مقاصد درمانی بسیار معمول شده است. زمانیکه بیگانه بودن ثابت شده باشد، پاسخ ایمنـی بـه طـرف تخریـب هـدفهایی از قبیـل مـواد خارجی، میکروارگانیزم ها یا محصولات آن و سلولهاي توموري پیش میرود کـه پاسخ ایمنی ایجاد شده علیه چنین مواد بیگانهاي ارزش حیاتی دارد. پاسخ ایمنـی طوري برنامه ریزي شده که خودي را از غیرخودي تشـخیص مـیدهـد. زمانیکـه ماده بیگانه تلقی شود، پاسخ ایمنی براي نابودي آن بوجود میآیـد. عـدم پـذیرش عضو پیوندي توسط میزبان را دفع یا پس زدن پیوند مینامند. دفع پیوند، تظاهري از پاسخ ایمنی اختصاصی است. بنابراین براي اینکه یک عضو پیوندي دفع نشود، باید از طرف سیستم ایمنی بـدن بعنـوان خـودي تلقـی شـود کـه بـه آن تحمـل ایمونولوژیک گویند. لذا قبـل از پـرداختن بـه موضـوع پیونـد، مسـئلهاي بـه نـام تولرانس یا تحمل ایمونولوژیک بحث میشود.

الف- تولرانس: تولرانس نسبت به اجزاي خودي، یک وسیله تکاملی است که سـالم بـودن این فرآیند براي رشد، تکامل و بقاي حیات ضروري اسـت، تـولرانس مـیتوانـد تحت تأثیر عوامل خارجی و داخلی بوجود آید. عوامل یا آنتی ژنهایی کـه باعـث تحمل میشوند را تولروژن گویند. تولرانس علیه آنتی ژنهاي خودي وظیفه اصلیسیستم ایمنی بوده بطوریکه معمولاً همه آنتی ژنهاي خـودي را بعنـوان تـولروژن میشناسند. معمولاً برخورد با ایمونوژن، ایمنی اختصاصی را تحریـک و در مـورد اغلب آنها، برخورد مجدد باعث پاسخ ایمنی ثانویـه شـده کـه شـدیدتر از پاسـخ ایمنی اولیه میباشد. در حالیکه برخورد مجدد با تولروژن، نه تنهـا باعـث ایمنـی اختصاصی نشده بلکه از فعال شدن لنفوسیت ها جلوگیري میکند. غیرفعال شدن اختصاصی لنفوسیت ها در مقابل آنتی ژن، مشخصـه بـارز همـه انـواع تـولرانس میباشد. تحمل یا تولرانس نسبت به آنتی ژنهاي خودي معمولاً طی یـک فراینـد فعال و تماس سلولهاي صلاحیت دار ایمنی با اجزاي خـودي حاصـل مـیشـود. مشاهدات نشان داده که چنانچه عضوي از بدن حیوان مثلاً هیپوفیز قورباغه را در ابتداي دوران جنینی خارج نموده و بعداً در زمان بلوغ به آن حیوان پیونـد بـزنیم، این نوع پیوند با اینکه خودي است، ولی پس زده میشود. همچنـین حیـوانی کـه بطور ژنتیکی فاقد یک پـروتئین خـاص اسـت، چنانچـه آن پـروتئین را در دوران بلوغ به آن حیوان وارد کنیم، علیه آن واکنش ایمنی بوجود میآید. مثلاً بعضـی از افرادي که مبتلا به کمبود IgA هستند، هنگام دریافت خون، بدلیل وجود IgA در سرم خون تزریقی، علیه آن عکس العمل نشان داده و پاسخ ایمنی ایجاد میکننـد. در سیستم ایمنی دو نوع تحمل مرکزي و محیطی را نام میبرند. تولرانس مرکزي آن است که پس از تجویز آنتی ژن هیچگونـه پاسـخی در مقابل آن بوجود نیامده و آنتی بادي نیز تولید نشود. در این حالت لنفوسیتهـاي مسئول بروز پاسخ نسبت به آنتی ژن بی تفاوت بوده و یـا اینکـه اساسـاً حضـورندارند. اینکه برخورد آنتی ژن منجر به فعال شدن یا تولرانس لنفوسیت شـود. بـه مرحله بلوغ سلول، ماهیت آنتی ژن و ماهیـت سـلولهاي عرضـه کننـده آنتـی ژن بستگی دارد. در فرآیند تکامل طبیعی در مراکز لنفاوي زایا، همه لنفوسیت هـا بـه مرحلهاي وارد میشوند که برخورد آنها با آنتی ژن منجر به مرگ یا غیرفعال شدن آنها میشود. در این مرحله کلونهاي توانمند لنفوسیتهـاي ضـدخودي بـا انتـی ژنهاي خودي مواجه شده نسبت به آنها تـولرانس پیـدا کـرده کـه بـه ایـن نـوع تحمل، تولرانس مرکزي میگویند. در حالیکـه در تـولرانس محیطـی، در اثـر تجـویز آنتـی ژن، ابتـدا پاسـخ ایمونولوژیک و توید آنتی بادي اتفاق میافتـد ولـی بمـرور زمـان، مکـانیزمهـاي مهـاري ماننـد سـلولهاي T مهـار کننـده، آنتـی بادیهـا، آنتـی ایـدیوتایپ هـا و کمپلکسهاي ایمنی وارد عمل شده و باعث کاهش شدید یا توقف پاسخ میشوند. همانطور که در مبحث مربوط به پاسخ ایمنی مطرح شد، فعال شدن لنفوسیت ها، محتاج حـداقل دو پیـام اسـت. پیـام اول بـا شناسـایی آنتـی ژن و اتصـال آن بـه گیرنـدههـاي سـطحی لنفوسـیتهـاي B,T صـورت مـیگیـرد. پیـام دوم بـراي لنفوسیتهاي T)بیشتر Th ،(اتصـال کمـک محرکهـایی نظیـر B7,Cd28 و بـراي + لنفوسیتهاي B و لنفوسیتهاي TCD8 دریافت کمک به صورت سـایتوکاین از لنفوسیت T کمکی(Th (میباشد. هنگامیکه پیام اول مستقیماً و بدون حضور پیـام دوم، لنفوسیت ها را تحریک و یا فعال کند، و یـا اینکـه لنفوسـیت هـا در غیـاب پیامهاي ثانوي با آنتی ژن مواجه شوند، تولرانس بوجود میآیـد. تـولرانس ایجـادشده در لنفوسیتهاي بالغی که در بافتهاي محیطی با آنتی ژن مواجه شدهاند را تولرانس محیطی میگویند. بنابراین بر اثر مواجهه شدن، کلونهاي لنفوسیتی T,B بـا آنتـی ژن بـه هرکـدام از دو طریـق، حـذف کلـونی(مـرگ سـلولی) و آنـرژي کلونی(بی پاسخی) تولرانس ایجاد میشود. 

ب- ایمونولوژي پیوند: انتقال خون کامل، سلولهاي خونی، پلاسما، مغز اسـتخوان، پوسـت، کلیـه، پانکراس، کبد، و... از یک فرد به فرد دیگر را پیوند مـینامنـد. فـردي کـه عضـو پیوندي از او تهیه شده را دهنده و فردي که پیوند را دریافت میکنـد، میزبـان یـا گیرنده پیوند مینامند. در صورتیکه عضو در محل طبیعی آناتومیک آن پیونـد زده شود، آنرا پیوند عضو ارتروپیک گویند. در مواقعی که بافت مـورد نظـر در محـل غیرطبیعی قرار داده شود، به این نوع پیوند هتروتروپیک میگویند. تمام سـلولهاي افراد گونه ها(بجز دوقلوهاي) تک تخمکی، در سطح خودشان مولکولهایی دارنـد که در بین افراد مختلف متفاوت است. بنابراین اگر سلولهاي فرد معینـی بـه فـرد دیگري انتقال یا پیوند زده شوند، میزبان آنها را بعنوان بیگانه شناخته و به منظـور نابودي آن پاسخ ایمنی بوجود میآید. همانطور که در فصل آنتی ژن ها بیان شـد، یکی از خصوصیات ماده ایمونوژن درجه بیگانگی آن است، لـذا هـر چـه درجـه بیگانگی بیشتر باشد، قدرت ایمونولوژنیک آن ماده بیشتر و پاسـخ ایمنـی بوجـود آمده علیه آن نیز ازدامنه قدرت بیشتري برخوردار است.