اگر میکروارگانیزمهاي مهاجم از سدهاي فیزیکی و شیمیایی مختلف عبور نمایند، خط دوم دفاعی یعنی سلولهاي تخصص یافته جهت نـابودي هـدف وارد عم ـل مــیشــوند. اندس ـیتوز و فاگوس ـیتوز، دو نــوع از مکانیسـمهــاي ایمنـی غیراختصاصی، با فرو بردن ماکرومولکولها و سلولهاي خارجی منجر به تخریب و حذف داخـل سـلولی آنهـا مـیگردنـد. در هـر دو روش، بلـع ماکرومولکولهـاي خارجی منجر به ایجاد وزیکولهاي اندوسیتی گردیده که مملو از عوامـل خـارجی میباشند. سپس وزیکولها به اجزاء حاوي PH اسیدي، بنـام انـدوزوم هـا متصـل میشوند. متعاقباً اندوزوم ها به لیزوزوم ها که حاوي آنزیمهاي تجزیه کنندهاي ازقبیل نوکلئازها، لیپازها، و پروتئازها میباشند، اتصال یافتـه و مـواد درون آنهـا بـه فرآوردههاي سادهاي همچون نوکلئوتیدها، قندها و پپتیدها شکسته میشود. 

به طور کلی مکانیسمهاي مقاومت علیه عفونتهـاي قـارچی پیچیـده بـوده و در اینجا تنها به ارایه مطالبی مختصر بسنده مینماییم. دفـاع در مقابـل عفونـتهـاي قارچی در افراد سالم از طریق دو بازوي اصلی ایمنـی شـامل سـدهاي فیریـک و شیمیایی، پوست سالم، نواحی جلدي، مخاطی، و همچنین اعمال اجرایی سیسـتم ایمنی بدست میآید، ریزش مداوم خـارجی تـرین لایـه پوسـت (طبقـه شـاخی) موجب برداشت قارچهاي بیماریزاي سـطحی مـیشـود. التهـاب بواسـطه ترشـح فاکتورهاي محلول نظیر سایتوکاینهاي مترشـحه از سـلولهاي انـدوتلیال عـروق، سبب افزایش تکثیر سلولهاي اپیدرم شده که این امر خود میزان ریزش سـلولهاي پوست را افزایش میدهد. در مجموع پوست را مـیتـوان بـه عنـوان یـک واحـدمراقبت در سیستم ایمنی در نظر گرفت. آنتی ژنهاي اصـلی در دیـواره قارچهـاي درماتوفیت، کربوهیدراتهاـ گلیکوپیتیدها و پیتیدها میباشند. این آنتی ژنها ممکـن اسـت پاسـخهاي حفـاظتی و ایمونولـوژیکی جلـدي را از طریـق فعـال سـاختن سـلولهاي لانگرهـانس اپیـدرمی، سـلولهاي دنـدریتیک درم، کراتینوسـایت هـا و سلولهاي T تحریک نمایند. به عنوان مثال سلولهاي لانگرهانس اپیدرمی با فرآیند فاگوسیتوز و واکنش با آنتی ژنها، آنها را براي فعال ساختن لنفوسـیتهـاي T بـا خاصیت قارچ کشی بر سطح خود عرضه مینمایند. ایمنـی ذاتـی (از نـوع دخالـت سـلولی) بـدن علیـه قارچهـاي بیمـاري زا شـامل لکوسیتهاي پلی موفونوکئر، و ماکروفاژهاي فعال شده با سـایتوکاین مـیباشـد. این سلول ها با بلعیدن یا اتصال به عوامل قـارچی ممکـن اسـت، بطریقـه داخـل سلولی (فاگوستیوز) و یا خارج سلولی از طریق واکنشهاي اکسیداتیو نظیـر مسـیر میلوپراکسـیداز – پراکسـیدهیدروژن، و واکنشـهاي مسـتقل از اکسـیژن هماننـد آنریمهاي هیدرولتیک موجب نابودي قارچ ها شوند. توانایی ماکروفاژهاي ریـوي در کشتن اختصاصی انواع گوناگون عوامل بیماریزا، بیانگر پیچیدگی مکانیسمهاي دفاعی در بدن میباشد. بطور طبیعی ریه ها از آلـوده شـدن بـا کونیدیوسـپورهاي انواع آسپرژیلوس محافظت میشوند. همچنین اگر چه از آلوده شدن ریـه هـا بـا سلولهاي کریپتو کوکوس نئوفر منس پیشگیري بعمل میآید ولـی میـزان اسـتعداد ابتلا به آن با توجه به نوع قارچ، متفاوت است. علاوه بر این با وجود بلعیده شدن اشکال تکثیري و آلوده کننده کوکسیدیودس ایمی تیس این عوامل قارچی از بـیننمیروند. سلولهاي غیر فاگوسیت کننده نیز در مکانیزم پاسـخ ایمنـی بـه عوامـل قارچی دخالت دارند. بعنوان نمونه، سلولهاي کشنده طبیعی با اتصال بـه قـارچ و تولید مواد سمی باعث از بین رفتن آن میشوند. ایمنی اکتسابی ممکن است به دنبال تحریک تولیـد آنتـی بـادي در جریـان خـون توسط آنتی ژنهاي قارچی وارد عمل شود. از حضـور آنتـی بادیهـاي اختصاصـی قارچ در جریان خون میتوان براي تعیین احتمال تماس با یک نوع قارچ بیماریزا و امکان وجود بیماري استفاده نمود. اما این موضوع که تولید آنتـی بـادي اصـولا مکانیسمی محافظت کننده است یا خیر، هنوز مورد بحث میباشد. بعنوان مثال در اغلب افراد مبتلا به کاندیازیس تیتر آنتـی بـادي بـالاتر از افـراد عـادي اسـت. در بیماران لوسمی که در اثر ابتلا به کاندیدیازیس در حال مرگ مـیباشـند نیـز تیتـر ایــن آنتـی بــادي افـزایش دارد. بهرحـال کاندیــدا آلبیکـانس و کریپتوکوکـوس نئوفرمنس قادر بـه ترشـح پروتئازهـایی هسـتند کـه ایمونوگلوبولینهـا را تجزیـه میکنند. با این وجود بعضی از آنتی بادیها علیه کریپتوکوکوس نئـوفرمنس ممکـن است محافظت کنند بوده و موجب طولانی شدن عمر بیماران شوند. بطـور کلـی تصور میشود، آنتی بادیها عمـل حفـاظتی خـود را از طریـق بهتـر نمـودن رونـد فاگوسیتوز، خنثی سازي اثر آنزیمهـاي مسـئول بیمـاریزایی عوامـل عفونـت زا و بالاخره با کاهش قدرت چسبندگی عوامل قارچی اعمال کنند. اما در حال حاضـر نظر موافقی با عمل موثر آنتی بادي ها در مقابل عفونـتهـاي قـارچی در انسـان وجود ندار