گاهي عليرغم اينكه آنتي بيوتيك انتخابي بر اساس تست حساسيت آزمايشگاهي مؤثر تشخيص داده شده ممكـن اسـت در درمان داروئي به نتيجه خوبي منجر نشود .

وجود سدهاي فيزيكي : )

1 يكي از دلايل احتمالي ناموفق بودن درمان، عدم توانايي عبور دارو از سدهاي فيزيكي و رسيدن به محـل عفونـت است . از سدهاي مهم ميتوان به سد خوني - مغزي و سد خوني - مايع مغزي نخاعي در درمان عفونتهـاي CNS اشاره كرد. a .آنتي بيوتيك با حلاليت بالا در چربي و ميـزان كـم يو نيزاسـيون م( اننـد كلرامفنيكـل، مترونيـداز ول و كليندامايسين از ) سد خوني - مغزي به خوبي نفوذ ميكنند. b .ديگر داروها (مثل پني و ها سيلين ) ها سفالوسپورين زماني ميتوانند وارد CNS شوند كه سـلامت سـد از بين رفته باشد.

2 ديگر سدهاي مه : م سد خوني - شبكيهاي، سد خوني- آبي در چشم، كپسول فيبري كم عروق ها در اطراف آبسه

غير فعال شدن دارو در محل عفونت: )

1 از ديگر دلايل براي نارسائي آنتيبيوتيك محسوب ميشود . a .مثال يك: سولفاناميدها در حضور چرك غيرفعال ميشوند. b .مثال دو: آمينوگليكوزيدها در بافتهاي نكروتيك غيرفعال هستند .

رژيم درماني نامناسب : )1 درمان آنتي بيوتيكي شايد به خاطر دز نامناسب دارو يا طول دورة نامناسب درمان ناكارآمد باشد . )2 استفاده از راه تجويز نامناسب ، اهتمام براي درمان يك بيماري ويروسي با يك داروي ضد باكتري و مـواردي از اين دست ممكن است به بي نتيجه شدن درمان منجر گردد .

پاسخ ايمني نامناسب : )1 درمان آنتي بيوتيكي غير موفق شايد ناشي از پاسخ ايمني نامناسب و ناكافي ميزبان باشد . )2 اگر در يك حيوان مبتلا به نقص ايمني به جاي يك باكتريسيد از يك داروي باكتريوستات استفاده شـود ممكـن است بيمار بطور مناسب و كافي درمان نشود .

بروز مقاومت : ممكن است عليرغم حساسيت اوليه باكتري ، در مقابل آنتي بيوتيك مقاومت كسب كرده، در برابـر درمـان ايـستايي نـشان دهد