یجاد و گسترش هر بیماري عفونی در میزبان شامل مراحل پیچیـدهاي از ارتبـاط متقابل بین میزبان و میکروب میباشد. وقایع کلیدي در جریـان ابـتلا بـه عفونـت شامل ورود میکروب به بدن و تهـاجم و تجمـع در بافـتهـاي میزبـان، گریـز از پاسخهاي ایمنی و بالاخره ایجاد آسـیب بـافتی و یـا اخـتلال در فعالیـت طبیعـی بافتهاي میزبان میباشد. بیماریزایی باکتریها معمولا بـه دو صـورت کلـی صـورت میگیرد، یکی خود حمله و گسترش باکتري و دیگري ترشح سموم. معمولا هر دو بازوي ایمنی ذاتی و اکتسابی در مقابل باکتریها به دفاع میپردارنـد. ایمنی ذاتی – خط اول دفـاعی و ایمنـی اکتسـابی در خـط دوم دفـاع قـرار دارد. بعضی از باکتریها که از خط اول دفاعی یعنی ایمنی ذاتی فرار مـیکننـد در چنـگ ایمنی اکتسابی گرفتار میشوند. بعبارتی ایمنـی اکتسـابی بـه کمـک ایمنـی ذاتـی میشتابد. ایمنـی اکتسـابی و ذاتـی بـه صـور مختلـف بـدفاع در مقابـل باکتریهـا میپردارند. بقا یا بیماریزایی میکروب ها در میزبان تحت تاثیر توانایی و یا مقاومت میکروبهـا از ساز و کارهاي حفاظتی میزبان میباشد. عفونت زایی تعادل بین حمله میکروب ودفاع میزبان است یعنی یک مبارزه بین میکروبهاي بیمـاریزا و میزبـان بـراي بقـا وجود دارد. در بعضی از عفونت ها، آسـیب بـافتی ناشـی از خـود میکـروب بـه تنهایی نیست، بلکـه ناشـی از پاسـخ میزبـان علیـه میکـروب و فـراوردههـاي آنمیباشد. باکتریها را در یک نگاه کلی به دو دسته خارج سـلولی و داخـل سـلولی تقسیم میکنند که دفاع متفاوتی در مقابل آنها بوجود میآید.