سطوح اپی تلیـال دسـت نخـورده(سـالم)، سـدفیزیکی بـین میکروبهاي موجود در محیط خارجی و بافت میزبان مـیباشـد. پوسـت، سـطوح مخاطی، دستگاه گوارش و تنفس، سه سطح تماس اصـلی بـین میزبـان و محـیط میباشد. هر سه سد فوق، بوسیله سلولهاي اپی تلیوم پیوستهاي محافظت شـده و در صورت آسیب دیدگی و به هم ریخـتن پیوسـتگی آن، زمینـه بـراي ابـتلاء بـه عفونت فراهم میشود. اینکه، پوسـت بـا چـه مکـانیزمی علیـه عفونـت مقاومـت میکند، بطور کامل شناخته نشده است، ولی میتوانـد ناشـی از طبیعـت خشـک، محیط اسیدي، وجود اسیدهاي چـرب ضـدباکتریایی و حضـور فلـور طبیعـی آن باشد. تمام سلولهاي اپی تلیال توسط یک لایه مخاطی پوشیده شده که تا حدودي از اتصال عوامل مهاجم به سطح سلول ممانعت بعمل میآورند. حرکت هماهنـگ مژههاي زیرمخاطی، ارگانیزمهاي بدام افتاده در لایه مخاطی را از بدن میرانند کـه این فرآیند احتمالاً توسـط اعمـالی از قبیـل سـرفه و یـا حرکـات دودي دسـتگاه گوارش حمایت میشود. بعلاوه اینکه سلولهاي اپـی تلیـال روده عمـر کوتـاه 30 ساعته داشته که کارایی عفونت را محدود میکند. بسیاري از اپی تلیوم ها، پپتیدهایی تولید میکنند که خاصیت آنتی بیوتیکی داشته و شناخته شده تـرین ایـن پپتیـدها، دیفنسـین مـیباشـد. دیفنسـین هـا در گرانولهاي نوتروفیل ها به وفور یافت میشوند و حـدود 5 درصـد پـروتئینهـاي سلول نوتروفیل ها را تشکیل میدهند. دیفنسین ها آنتی بیوتیکهایی با طیـف اثـر وسیع بوده و سنتز آنها در پاسخ به سایتوکاینهـاي التهـابی نظیـر اینترلـوکین -1فاکتور نکروز کننده تومور افزایش مییابد. اپی تلیوم روده پپتیدهاي ضد میکروبی قوي بنام کریپتوسیدین ها را ترشح که قادرند مجراي درونی روده نظیر کریپتها را بطور موضعی استریل نمایند. پوست با داشتن اسیدهاي چرب زیـاد ممانعـت کننـده رشـد بـا کتریهـا و قارچها است. معده با داشتن اسیدکلریدریک با ph حدود 2 قادر به نـابودي اکثـر پاتوژنهاي دستگاه گوارش است. بنابراین مواد کاهش دهنده اسید معـده، از قبیـل درمان با آنتی اسیدها و مهار کنندههاي H2 حساسیت میزبـان در برابـر پـاتوژن را افزایش میدهند. از دیگر پپتیدهاي ضد میکروبی میتوان آنزیم لیزوزیم در اشـک و بعضی ترشحات مخاطی دیگر را نام برد که باعث نابودي اکثر پاتوژنهـاي گـرم مثبت میشود. اکثر سطوح بدن که در معـرض محـیط خـارج قـرار دارنـد، از باکتریهـا و قارچهـاي غیربیمـاري زا و یــا بیمـاري زاي ضــعیف پوشـانیده شــده کــه ایــن میکروارگانیزم ها را فلور طبیعی مینامند. از مناطقی که توسط فلور طبیعی اشغال شده اند، میتوان دهان، پوست و دستگاه گوارش را نام برد. باکتریهاي بی هوازي عناصر مهم فلور طبیعی در تمام نقـاط بـدن بـوده و تـراکم آن بطـور گسـتردهاي برحسب محل متفاوت است. بطور مثال، در حـالی کـه معـده و قسـمت ابتـدایی روده کوچک عاري از میکروارگانیزم میباشـند، محتویـات قسـمت انتهـایی روده بزرگ ممکن است حاوي 10 11 ×1 بـاکتري در هـر گـرم محتویـات باشـد. فلـور طبیعی نقش مهمی در عمل دفاعی میزبان داشته، بطوریکه حـذف باکتریهـاي بـیهوازي فلور طبیعی دستگاه گوارش توسط داروهاي ضدمیکروبی موجب افـزایش حساسـیت بیمـاران در برابـر عفونـتهــاي ناشـی از باکتریهـاي رودهاي نظیـر اشرشیاکلی و سالمونلا میشود. تمام مکانیزمهایی که فلـور طبیعـی توسـط آن از استقرار یا عفونت توسط پاتوژنها ممانعت بعمـل مـیآورد، بطـور کامـل شـناخته نشده است. با این وجود، تحریک لنفوسیتهاي T و همچنین تولید آنتی بادیهاي با خاصیت واکنش متقاطع، تحریک غیراختصاصی سیسـتم ایمنـی، رقابـت بـراي مواد غذایی، رقابت با گیرندههاي موجود در سطح سلولهاي اپی تلیـال و ترشـح مواد سمی مثل اسیدهاي چرب با زنجیره کوتـاه علیـه میکروارگانیزهـا، از جملـه مکانیزمهایی است که فلور طبیعی به میزبان در دفاع از خود ارایه میکند.