1 .نمونه برداری

2 .آزمایش مستقیم( تهیه گسترش و رنگآمیزی و یا مشاهده با پتاس )

3 .کشت

4 .تستهای سرولوژی

5 .تلقیح به حیوانات حساس آزمایشگاهی

پوست: توسط تراشیدن الیه سطحی از کناره های ضایعه توسط اسکالپل با تیغه کند یا توسط کناره یک الم شیشه ای و در برخی موارد با استفاده از نوار چسب و یا برس سر در ضایعات وزیكول دار پس از برداشتن پوسته سطحي از درون وزیكول نمونه برداري میگیرد شایع ترین و محتمل ترین ایزوله ها: کاندیدا، درماتوفیت ها، ماالسزیا، ترایکوسپورون

مو: تراشیدن توسط یک اسکالپل با تیغه کند بهترین روش نمونه برداری از مناطق پوستی پوشیده از مو است. مو ها را همچنین می توان توسط یک موچین کند. نمونه باید حاوی فولیکول مو، ساقه مو و پوسته باشد. شایع ترین و محتمل ترین ایزوله ها: میکروسپوروم، تریکوفیتون، ترایکوسپورون

ناخن: نمونه برداری باید از هر نقطه از ناخن که دچار دیستروفی، شکنندگی و یا تغییر رنگ شده انجام گرفت. در مواردی که ناخن ضخیم شده است تراشه ها می بایست از سطح زیرین ناخن انجام شود. شایع ترین و محتمل ترین ایزوله ها: اسکوپوالریوپسیس، آکرومونیوم، کاندیدا،آسپرژیلوس، فوزاریوم

غشاء های مخاطی: با استفاده از سواپ مرطوب استریل و یا استفاده از اسکالپل کند استریل از سطوح اپیتلیال درگیر انجام می گیرد. شایع ترین و محتمل ترین ایزوله ها: کاندیدا، ژئوتریکوم

گوش: عفونت های قارچی گوش معموال خشک است به جز مواردی که با عفونت های باکتلایر همراه است. روش نمونه برداری از مواد موجود در گوش توسط تراشیدن با اسکالپل کند، یا سواپ مرطوب انجام می گیرد.شایع ترین و محتمل ترین ایزوله ها: کاندیدا، تریکوفیتون منتاگروفیتس، اپیدرموفیتون فلوکوزوم، آسپرژیلوس نایجر، آسپرژیلوس فومیگاتوس، رایزوپوس

چشم: نمونه با استفاده از تراشیدن نواحی مشکوک به کراتیت قارچی توسط اسکالپل کند انجام میگیرد. در صورت گرفتاری ملتحمه، نمونهها توسط سواپ تهیه میشوند شایع ترین و محتمل ترین ایزوله ها: آسپرژیلوس نایجر، آسپرژیلوس فومیگاتوس، آسپرژیلوس فالووس، کاندیدا آلبیکنس، فوزاریوم سوالنی

آبسه: آسپیراسیون و یا باز كردن آبسه توسط اسكالپل

خون: برای انجام آزمایش 11 میلی لیتر از خون وریدی را به یک شیشه حاوی محیط کشت خون تلقیح می کنیم. در مورد نوزادان خون کمتری الزم است. انجام کشت از خون شریانی موقعی توصیه می شود که نتیجه چندین کشت از خون وریدی جهت رشد قارچ در یک بیمار مشکوک به سپتی سمی قارچی منفی شده باشد. شایع ترین و محتمل ترین ایزوله ها: کاندیدا، کریپتوکوکوس و هیستوپالسما

مغزاستخوان: نمونه توسط پزشک آسپیره می شود. مقدار نمونه 3 الی 9 میلی لیتر از نمونه را درون سرنگی که از قبل 1/9 میلی لیتر هپارین استریل 1/1111 داشته می کشیم. شایع ترین و محتمل ترین ایزوله ها: هیستوپالسما، پاراکوکسیدیوئیدس برازیلینسیس، اسپوروتریکس شنکئی، کریپتوکوکوس و کاندیدا

مایع مغزی نخاعی: نمونه گیری توسط پزشک و توسط پونکسیون نخاعی انجام می شود. نمونه ایده آل حاوی 3 الی 9 میلی لیترمیباشد ولی در بچه ها و نوزادان حجم کمتری نیاز است. شایع ترین و محتمل ترین ایزوله ها: کریپتوکوکوس نئوفورمنس، کاندیدا آلبیکنس

خلط: شستشوي دهان با آب یا دهان شویه رقیق بدون قرقره كردن قبل از نمونه گیري نمونه باید هنگام صبح بالفاصله پس از برخاستن از خواب دریک محفظه استریل جمع آوری شود. تاخیر زمانی بین جمع آوری نمونه و ارسال نباید بیشتر از دو ساعت طول بکشد. در صورتی که مجبور به نگهداری نمونه قبل از آزمایش شویم حداکثر تا 24 ساعت می توانیم نمونه را در یخچال نگهداری کنیمشایع ترین و محتمل ترین ایزوله ها: آسپرژیلوس، بالستومایسس درماتیتیدیس، کاندیدا، کوکسیدیوئیدیس ایمیتیس، کریپتوکوکوس، ژئوتریکوم

مدفوع: نمونه در ظرف استریل جمعآوری میشود سواپهای رکتال درون محیط ترانسپورت ارسال میشوند نمونهها باید به سرعت و در 4 درجه سانتي گراد به آزمایشگاه ارسال گردند

ادرار: نمونه ادراری )29 الی 31 میلی لیتر( که از ادرار میانی گرفته می شود معموال جهت تشخیص مناسب است. تاخیر بین نمونه گیری و ارسال آن به آزمایشگاه نباید بیش از دو ساعت طول بکشد. همیشه باید از حمل نمونه در محفظه حاوی اسید بوریک خودداری نماییم زیرا این ماده تاثیر منفی در رشد قارچ دارد. شایع ترین و محتمل ترین ایزوله ها: کاندیدا، کریپتوکوکوس

بیوپسی بافتی: این نمونه توسط پزشک تهیه شده و باید شامل مرکز و حاشیه ضایعه باشند. الزم است بافت تا زمان آزمایش درون سرم فیزیولوژی استریل و بدون هیچ ماده نگهدارنده و به طور مرطوب نگه داشته شود. برای این منظور هرگز نباید از سرم فیزیولوژی تزریقی که حاوی مواد آنتی باکتلایر می باشد استفاده نمود.

سایر مایعات بدن: مایعات بدن بیشتر به منظور جدا کردن قارچ های مولد عفونت های سیستمیک تهیه می شوند. نمونه ها باید درون لوله های استریل حاوی هپارین جمع آوری شوند. مایعات شفاف را به مدت ده دقیقه با دور 1211 در دقیقه باید سانتریفوژ کرد ته نشین درشرایط استریل با پیپت خارج و برای کشت و آزمایش مستقیم کاربرد دارد. شایع ترین و محتمل ترین ایزوله ها: در مایعات قفسه سینه ، شکم و بافت سینوویال آسپرژیلوس و کاندیدا