معموال درمان عفونتهای قارچی مشکل است و علت آن هم این است که قارچ یک میکروارگانیسم مقاومی است و می تواند تا سال ها به صورت کامال غیر فعال در یک محیط وجود داشته باشند، بدون این که از بین بروند و تا فرصت و موقعیتی مناسبی برای آن ها ایجاد شد فعال می شوند مثل infection Super یا عفونت های ثانویه. یکی از عفونت های ثانویه این است که قارچ های بیماری زا فعال می شوند پس این قارچ در محیط وجود دارد اما فرصت برای فعالیت ندارد. خیلی مقاوم هستند و از بین بردن آن ها کار ساده ای نیست به همین دلیل بیماری ها یا عفونت های قارچی تمایل به عود دارند یعنی دوباره برگشت می کنند و معموال درمان هایی که برایشان انتخاب می کنیم طوالنی مدت است و دوره ی درمان حتما باید کامل شود تا بتواند بیماری به طور کامل از بین برود و برگشت نداشته باشد حتی اگر عالئم بهبود پیدا کرده باشد اما دوره درمان باید تکمیل شود. عفونت هایی که در اثر قارچ ها ایجاد می شود به دو صورت می باشد: 1 )عفونت های موضعی 2 )عفونت های سیستمیک عفونت های موضعی، عفونت هایی هستند که موضع خاصی از بدن )معموال روی مخاط یا پوست( را در بر میگیرند. مثال عفونت هایی که می تواند در حیوانات به عنوان مثال در داخل گوش، ال به الی پشم و موی حیوانات، الی انگشت، روی سم، کشاله ی ران ایجاد شود و این عفونت ها، عفونت های موضعی است و معموال هم درمان های موضعی دارند و بعضی هم عفونت های سیستمیک هستند که در واقع ارگان های داخلی بدن را در بر می گیرد مثال مربوط می شود به ریه ها یا حتی مننژیت که منشاء قارچی دارد و پرده های مغز را در بر می گیرد. در دامپزشکی بیشتر عفونت های موضعی داریم. قارچ هایی که عامل عفونت هستند بسیار زیادند و می توانند ایجاد عفونت کنند اما معروف ترین آن ها کاندیدا آلبیکنز می باشد که می تواند ایجاد کاندیدیاز یا عفونت کاندیدائی کند که این کاندیدیاز می تواند هم به صورت موضعی باشد و هم به صورت سیستمیک. درماتوفیتون ها که به عنوان قارچ های مولد کچلی معروف هستند و ریزش مو ایجاد می کنند و معموال ناحیه ای را که درگیر می کنند؛ اگر در آن ناحیه مو وجود داشته باشد، باعث ریزش موی دائمی در آن منطقه می شوند و در گذشته این مساله شایع تر بود و این قارچ معنای آن را ندارد که فقط در محل رویش مو این قارچ ایجاد می شود و روی ناخن ها و الی انگشت، ال به الی سم، پشت گوش، داخل گوش به وجود می آید و معموال جاهایی که نور کمتری به این مناطق می رسد و رطوبت و گرمای کافی دارند این قارچ ها می توانند رشد کنند. انواع داروهایی که برای بیماری قارچی استفاده می شوند می توانند از لحاظ ساختاری تقسیم بندی شوند که مثال می توان آن ها را به ترکیبات polyene ،ایمیدازول ها و ... و یا ممکن است به لحاظ نوع استفاده ی آن ها تقسیم کنیم مثال ضدقارچ های موضعی و ضدقارچ های سیستمیک