زنجيره هاي پلي پپتيدي سنگين و سبك مولكولهاي ايمونوگلبولين بصورت حلقه هائي در مناطقي بنام حـوزه (Domain(بـر روي خود بطورفشرده و كروي مانند (Golbular (چين خورده اند بطوري كه اين حوزه ها بوسيله قطعات كوتاه اسيدهاي آمينه از ( 3 اسـيد آمينـه خـتم مـي شـوند بنـام ازت انتهـائي + يكديگر مجزا شده اند.يكطرف اين زنجيره هـا كـه بـه عامـل آمـين NH( ( منتهـي ميـشوند بنـام كـربن انتهـائي (Terminal-C) - (Terminal-N (و طرف ديگر كه به عامـل كربوكـسيل COO( نامگذاري شده است. زنجيره هاي سنگين و سبك مولكول ايمونوگلبولين بوسـيله پيونـدهاي اشـتراكي (Covalence (داراي دو عامل سولفيدي(bonds S-S Interchain (و همچنين پيوندهاي غيراشتراكي به يكديگرمحكم متـصل ميباشـند. پيونـدهاي دوگانة سولفيدي (Intrachain (بعلاوه تشكيل حلقه هاي پپتيدي (Loop (در هر حوزه (Domain (مولكول ايمونوگلبولين را ميدهند.حوزه هاي پپتيدي زنجيره هاي سنگين وسبك كه درناحيه ازت انتهائي واقع شده اند و در ارتباط و يا تماس مـستقيم بـا آنتي ژن هستند،مناطق متغير(regions Variable (يا V نامگذاري شده اند. علت اين نام اينـست كـه منـاطقي از اسـيدهاي آمينه اين حوزه ها درمولكول ايمونوگلبولين ثابت نيستند و براي هرآنتي ژن متغير ميباشند.اين مناطق بسياركوچك پپتيـدي درايـن حوزه را كه اسيدهاي آمينه آن ثابت نيـستنددراصطلاح منـاطق بـسيارمتغير((HV(regions Hypervariable (يـا منـاطق .گويند مي) Complementarity determining region (CDR) مكمل بوسيله روش كريستالوگرافي يا اشعه ايكس نشان داده اند كه اين مناطق بسيار متغير در تماس مستقيم با آنتـي ژن هـستند .از آنجائي كه هر واحد ساختماني (Subunit (مولكولهاي ايمونوگلبولين از دو زنجيرة سنگين و دو زنجيرة سبك درست شده اسـت، بنابراين هر واحد داراي دو حوزة متغير در زنجيره هاي س نگين (VH (و دو حوزة متغير در زنجيره هاي سبك (VL (كه هر جفـت VHو VL روبروي هم قرار دارند (شكل شماره 3-2 . (از طرف ديگر ، اسيدهاي آمينه ساير حوزه هاي مولكولهاي ايمونوگلبـولين كمتر متغير و نسبتاً ثابت هستند و به همين دليل آنها را مناطق ثابت (regions Constant (يا C مي گويند. تعداد حوزه هـاي اين مناطق در زنجيره سنگين هر واحـد سـاختماني مولكولهـاي IgG ،IgA و IgD سـه جفـت ودر مولكولهـاي IgM و IgE چهارجفت كه هر حوزه را بصورت CH1 ،CH2 ،CH3 و CH4 نشان مي دهند. حوزه هاي ثابت(C (در زنجيره هاي سبك كاپا و لامبداي هر واحد ساختماني ايمونوگلبولين يك جفت مي باشد كه هر كدام را بصورت CLنشان مي دهند. در هر واحد ساختماني ايمونوگلبولين حوزه ثابت CH1 در مقابل CL قرار دارد ولي بقيه حوزه هاي زنجيرة سنگين، قرينة يكديگر قرار گرفته اند. محلـي را كه ناحيه متغير(V (به ناحيه ثابت(C (متصل ميشود منطقة كليد(region Switch (ميگويند.هر حلقه پلي پپتيدي (Loop( زنجيره هاي سنگين و يا سبك از 60 تا 70 اسيد آمينه و هر حوزه (Domain (از حدود 110 اسيد آمينه تشكيل شده است. تشابه ساختماني بين مولكولهاي ايمونوگلبولين وهمچنين گيرنده هاي آنتي ژن در سطح cells-T ،كلاس1و 2 آنتي ژنهـاي اصلي سازگاري نسجي(MHC (وهمچنين بسياري ازمولكولهاي چسبنده وگيرنده هاي سطحي سـلولهاي سيـس تم ايمنـي وجـود دارد. ساختمان اين مولكولها، همگي از به هم پيوستن اسيدهاي آمينه بصورت حلقه هايي مانند ايمونوگلبولين تشكيل شـده اسـت . بنابراين اين دسته پروتئينها را بنام خانوادة ابر ژن ايمونوگلبولين (family Supergene-Ig (نامگذاري كرده اند. حوزه هاي متغير زنجيره هاي سنگين و سبك مولكول آنتي بادي، روبروي يكديگر حفره يا شكافي (Pocket (را درست مـي كنند كه قالبي براي يك اپي توپ آنتي ژن است. گنجايش اين حفره به اندازه يك اوليگوساكاريد 6 تا 7 قندي و يا پپتيدي از 4 تـا 7 اسيد آمينه مي باشد. مناطق بسيار متغير يا مكمل (CDR (در زنجيرة سنگين و سبك بنحوي روبروي يكديگر قـرار دارنـد كـه كاملاً در تماس مستقيم با آنتي ژن هستند و يك اپي توپ را در بر مي گيرند . بعلاوه شكل فـضائي كـروي ماننـد (Globular( مولكول ايمونوگلبولين و چين خوردگيهاي فشرده حوزه ها در بوجود آمدن اين حفره كمـك مـي كننـد . از آنجـائي كـه هـر واحـد ساختماني مولكول آنتي بادي از دو زنجيـرة سنگين و دو زنجيرة سبك تشكيل شده، بنابراين تعـداد ايـن حفـره هـا -Antigen( (sites combining در هر واحد ساختماني ايمونوگلبولين ، دو تا مي باشد كه هـر دو يكـسان و بـراي يـك اپـي تـوپ معـين اختصاصي (Specific (است. به اين حفره ها در اصطلاح پاراتوپ (Paratope (نيز مي گويندو مانند قفلي براي كليد آنتي ژن اختصاصي مي باشند.چين خوردگيها وفشردگي زنجيره هاي پلي پپتيدي مولكول آنتي بادي در فاصله بين دو حـوزه كمتـر اسـت و بهمين علت حد فاصل بين حوزه ها حساسيت بيشتري نسبت به آنزيمهاي هضم كننده دارند. 

سيستم كمپلمان از مجموعة پروتئينهايي تشكيل شده است كه از نظـر سـاختمان شـيمي ايي و اعمـال بيولـوژيكي بـا يكـديگر متفاوتند. اين پروتئينها از دو يا سه زنجيرة پلي پپتيدي تشكيل يافته كه بوسيله پيوندهاي دي سولفيدي به يكديگر متصلند . زنجيرة بزرگتر آلفا، زنجيرة كوچكتر بتا و اگر زنجيرة سومي هم وجود داشه باشد گاما نامگذاري مي شود. حداقل 25 نوع پروتئين مختلف در سيستم كمپلمان تاكنون شناخته شده كه حدود 15 درصد (W/W (وزن گلبولينهاي پلاسـما را تـشكيل مـي دهنـ د. پروتئينهـاي سيستم كمپلمان توسط سلولهاي متفاوتي ساخته مي شوند كه در اين رابطه مونوسيتها يا ماكروفاژها، فيبروبلاستها، سـلولهاي ريـه، بافت چربي ، سلولهاي اپي تليال روده و دستگاه تناسلي – ادراري ( به جز كليه ها) و به ويـژه سـلولهاي پارانـشيم كبـدي تـاكنون شناخته شده اند. به طور كلي پروتئينهاي سيستم كمپلمان را به دو دسته مي توان تقسيم كرد: الف ) دسته اي كه در ابتدا غيرفعالند و پس از فعال شدن قادر به انجام وظيفه خود مي باشند. اين گـروه 12 عددنـد و آنهـا را پروتئينهاي عملكردي (Functional (مي گويند. ب ) دستة ديگري از پروتئينهاي سيستم كمپلمان نقش كنترل كننده يا بازدارنده (Inhibitor (دارند و در حقيقت از فعاليـت بيش از حد پروتئينهاي فعال شده دستة اول جلوگيري ميكنند. اين دسته را پروتئينهاي تنظيم كننده(Regulator (مينامند.

نامگذاري پروتئينهاي سيستم كمپلمان : هريك از پروتئينهاي سيستم كمپلمان را به صورتي نمايش مي دهند . دسته اي از پروتئينهاي غيرفعال را با حروف«C «بزرگ نشان مي دهند. اين دسته از پروتئينها 9 نوع مختلف مي باشند كه هر كدام با شمارة مربوطه مانند C1 ، C2 الـي C9 مـشخص مي شود. بعضي ديگر را با كلمه فاكتور و حروف بزرگ الفباء لاتين نشان مي دهند. ماند فاكتور B فاكتور H و غيره. دستة ديگري از پروتئينهــاي سيــستم كمپلمــان را برحــسب كــاري كــه انجــام مــي دهنــد نامگــذاري كــرده انــد، ماننــد C1inhibitor يا C1inactivator . بعضي از پروتئينهاي سيستم كمپلمان را اصطلاحي نامگذاري كـرده انـد ماننـد Protein" S . "بعـد از فعال شدن اولين پروتئين سيستم كمپلمان كه توسط مواد فعال كننده خاصي (Activator (صورت مي گيرد، سـاير پروتئينهـاي سيستم كمپلمان پشت سرهم مانند آبشار(Cascade (تا آخرين جزء فعال مي شوند. فعال شدن ايـن مولكولهـا پـس از شكـسته شدن و جدا شدن يك قطعة كوچك پپتيدي كه معمولا بر روي زنحيره بلند آلفا قرار دارد صورت مـي گيـرد . پـس از فعـال شـدن مولكول، پيوند داخلي تيواستر در اين زنجيره آزاد مي شود. پيوندهاي تيواستر يك پيوند اشتراكي بين كربن و گوگرد اسيدهاي آمينه گلوتامين و سيستئين (O=C-S (-بر روي زنجيره هاي پلي پپتيدي آلفا است. قطعة فعال شدة كمپلمـان بوسـيلة پيونـد تيواسـتر تشكيل پيوند اشتراكي باعامل آمين يائيدروكسيل در ايميون كمپلكس مي دهد و بدينوسيله به آن متصل مي شود.