سيستم كمپلمان از مجموعة پروتئينهايي تشكيل شده است كه از نظـر سـاختمان شـيمي ايي و اعمـال بيولـوژيكي بـا يكـديگر متفاوتند. اين پروتئينها از دو يا سه زنجيرة پلي پپتيدي تشكيل يافته كه بوسيله پيوندهاي دي سولفيدي به يكديگر متصلند . زنجيرة بزرگتر آلفا، زنجيرة كوچكتر بتا و اگر زنجيرة سومي هم وجود داشه باشد گاما نامگذاري مي شود. حداقل 25 نوع پروتئين مختلف در سيستم كمپلمان تاكنون شناخته شده كه حدود 15 درصد (W/W (وزن گلبولينهاي پلاسـما را تـشكيل مـي دهنـ د. پروتئينهـاي سيستم كمپلمان توسط سلولهاي متفاوتي ساخته مي شوند كه در اين رابطه مونوسيتها يا ماكروفاژها، فيبروبلاستها، سـلولهاي ريـه، بافت چربي ، سلولهاي اپي تليال روده و دستگاه تناسلي – ادراري ( به جز كليه ها) و به ويـژه سـلولهاي پارانـشيم كبـدي تـاكنون شناخته شده اند. به طور كلي پروتئينهاي سيستم كمپلمان را به دو دسته مي توان تقسيم كرد: الف ) دسته اي كه در ابتدا غيرفعالند و پس از فعال شدن قادر به انجام وظيفه خود مي باشند. اين گـروه 12 عددنـد و آنهـا را پروتئينهاي عملكردي (Functional (مي گويند. ب ) دستة ديگري از پروتئينهاي سيستم كمپلمان نقش كنترل كننده يا بازدارنده (Inhibitor (دارند و در حقيقت از فعاليـت بيش از حد پروتئينهاي فعال شده دستة اول جلوگيري ميكنند. اين دسته را پروتئينهاي تنظيم كننده(Regulator (مينامند.

نامگذاري پروتئينهاي سيستم كمپلمان : هريك از پروتئينهاي سيستم كمپلمان را به صورتي نمايش مي دهند . دسته اي از پروتئينهاي غيرفعال را با حروف«C «بزرگ نشان مي دهند. اين دسته از پروتئينها 9 نوع مختلف مي باشند كه هر كدام با شمارة مربوطه مانند C1 ، C2 الـي C9 مـشخص مي شود. بعضي ديگر را با كلمه فاكتور و حروف بزرگ الفباء لاتين نشان مي دهند. ماند فاكتور B فاكتور H و غيره. دستة ديگري از پروتئينهــاي سيــستم كمپلمــان را برحــسب كــاري كــه انجــام مــي دهنــد نامگــذاري كــرده انــد، ماننــد C1inhibitor يا C1inactivator . بعضي از پروتئينهاي سيستم كمپلمان را اصطلاحي نامگذاري كـرده انـد ماننـد Protein" S . "بعـد از فعال شدن اولين پروتئين سيستم كمپلمان كه توسط مواد فعال كننده خاصي (Activator (صورت مي گيرد، سـاير پروتئينهـاي سيستم كمپلمان پشت سرهم مانند آبشار(Cascade (تا آخرين جزء فعال مي شوند. فعال شدن ايـن مولكولهـا پـس از شكـسته شدن و جدا شدن يك قطعة كوچك پپتيدي كه معمولا بر روي زنحيره بلند آلفا قرار دارد صورت مـي گيـرد . پـس از فعـال شـدن مولكول، پيوند داخلي تيواستر در اين زنجيره آزاد مي شود. پيوندهاي تيواستر يك پيوند اشتراكي بين كربن و گوگرد اسيدهاي آمينه گلوتامين و سيستئين (O=C-S (-بر روي زنجيره هاي پلي پپتيدي آلفا است. قطعة فعال شدة كمپلمـان بوسـيلة پيونـد تيواسـتر تشكيل پيوند اشتراكي باعامل آمين يائيدروكسيل در ايميون كمپلكس مي دهد و بدينوسيله به آن متصل مي شود.