علاوه بر مسیر کلاسیک که در آن فعال شدن کمپلمان، نیازمند حضور آنتی بـادي و یا کمپلکس آنتی ژن آنتی بادي است، عوامل دیگري همچون لیپوپلی سـاکارید باکتریها، اندوتوکسین دیواره باکتریهاي گرم منفی، دیواره بعضـی مخمرهـا تجمـع IgA ،و سم مارکبري نیز قادرند کمپلمان را در مسیر فرعی فعال نمایند. در حالت طبیعی C3 بآهستگی و بطور خودبخودي در پلاسما میشکند و بـدین ترتیـب در یک سرم طبیعی C3b بطور مداوم تولید میشود. C3b در سـرم در حضـور یـون منیزیم بـا پـروتئین دیگـري بنـام فـاکتور B کمپلکسـی تشـکیل داده و بصـورت C3bBدرمـی آیـد(شـکل 3-5 .(پیونـد تیواسـتر داخلـی در C3 اصـلی، مسـتعدهیدرولیز خودبخودي توسط آب است که در نتیجه ایـن هیـدرولیز، شـکل فعـال شدهاي از C3 ،بنام C3i یا همان C3H2O تولید میشود. C3i بعنوان نقطه اتصال براي فاکتور B عمل نموده که در نتیجه این اتصال، C3IB بوجـود مـیآیـد. ایـن واکنش مشابه اتصال C2 به C4b است. در مرحله بعد، فاکتور B متصل شـده بـه C3I توسـط فــاکتور D شکسـته شــده و قطعــه کــوچکی از آن بنـام Ba جــدا میشود(شکل3-5 .(باقیمانده مجموعه، یعنی C3iBb که در اصـل همـان C3bBb است بعنوان مبدل فاز مایع C3 در مسیر فرعـی عمـل مـیکنـد(C3 کونورتـاز راه فرعی).b متصل به غشاء، ناپایدار بوده و خیلی زود تجزیه مـیگـردد. اتصـال ایـن مجموعه به پروپردین و تشکیل C3bBbp باعث پایداري مجموعـه خواهـد شـد. C3bBbp تعداد بیشتري از مولکولهاي C3 در سطح مربوطـه ایجـاد مـیکنـد. بـااتصال یک مولکول C3b به مجموعـه قبلـی، ترکیـب جدیـد C3bBb3b بوجـود مــیآیــد کــه بــه آن C5 کونورتـاز و یــا آنـزیم مبـدل C5 در مسـیر آلترنـاتیو میگویند

از نظر تكامل زيستي (Phylogeny ، (پروتئينهاي راه آلترناتيو قبل از راه كلاسيك درجانداران بوجود آمده اند.فعال شدن راه آلترناتيو سيستم كمپلمان، بدون دخالت آنتي بادي بصورت دفاع غير اختصاصي يا ذاتـي (Innate (مـي توانـد بعـضي ازباكتريهـا، ويروسها و سلولهاي سرطاني را از بين ببرد. فعال كننده ها (Activators (يا موادي كه راه آلترناتيو سيستم كمپلمان را فعال مـي كننـد ماننـد راه كلاسـيك شـامل دو دسته اند: الف – فعال كننده هائي كه منشاء ايمونولوژيك دارند. ب – فعال كننده هائي كه منشاء غير ايمونولوژيك دارند. الف- فعال كننده هائي كه منـشاء ايمونولوژيـك دارنـد بـه دو شـكل سيـستم كمپلمـان را از راه آلترنـاتيو فعـال مـي كننـد . ايـن ايمونوگلبولينها شامل IgA ،IgG4 و IgE مي باشند. 1 .كمپلكسهاي ميكروب يا آنتي ژن با آنتي بادي كلاسهاي IgA ،IgG4 و IgE بصورت مجموعه هـاي ايمنـي كـه در نتيجة واكنشهاي ايمني ميزبان تشكيل مي شوند. 2 .مولكولهاي پليمر و بهم متصل اين ايمونوگلبولين ها (Aggregated . ( 2 )لازم اسـت. يـاد آوري / قطعة Fc اين ايمونوگلبولين ها نقشي در فعال شدن راه آلترنـاتيو نـدارد ولـي وجـود قطعـة ab(F مي شود كه شدت واكنشهاي راه آلترناتيو از كلاسيك بسيار كمتر است. ب – فعال كننده هائي كه داراي منشاء غيـر ايمونولوژيـك هـستند . ماننـد آنزيمهـاي شـبيه تريپـسين، ليپـوپلي سـاكاريدها، پلـي ساكاريدهاي گياهي و باكتريـايي، اندوتوكـسين باكتريهـاي گـرم منفـي، فـاكتور سـم مـاركبري Factor Venum Cobra( (CVF ، (فاكتور نفريتيك (C3Nef ،(زيموزان ديوارة سلولي مخمرها، برخي از انگلها و ويروسها، سلولهاي آلوده بـه ويـروس و سلولهاي سرطاني