با توجه به اینکه آنتی بادي به باکتریهاي داخـل سـلولی دسترسـی نـدارد، ایمنـی سلولی عامل اصـلی انهـدام باکتریهـاي داخـل سـلول مـیباشـد. ایمنـی سـلولی مجموعهاي از فعالیت لنفوسیتهـاي T سـلولهاي منونـوکلئر مـیباشـد. فعالیـت TCD 4 لنفوسیتهاي+ بدین ترتیب است که سلولهاي مـذکور فقـط در حضـور پپتید و MHC کلاس دو ومولکولهاي کمـک تحریکـی سـطح سـلولهاي عرضـه کننده آنتی ژن حرفهاي صورت میگیـرد. قـویترین مولکولهـاي کمـک تحریکـیلنفوسیتهاي کلی روي سلولهاي دندریتیک بالغ (نـوع انگشـتی)، ماکروفاژهـاي فعـال شـده و لنفوسیتهاي B فعـال شـده بـارز مـیشـوند. بـدنبال فعـال شـدن بـا آنتـی ژن، لنفوسیتهاي T به یکی از چندین فنوتایپ مختلف تمایز مییابند که معروفتـرین آنها لنفوسیتهاي Th1, Th2 میباشد. این سلولها با مجموعـه سـایتو کـاینی کـه تولید میکنند، مشخص گردیده و بدین طریـق اعمـال اجرایـی مـوثري در دفـاع میزبان بر عهده دارند. لنفوسیتهاي Th1 ،با تولید سایتوکاینهایی نظیر اینتروفـرون گاامـا و اینترلـوکین –2 نقــش اصـلی را در کنتـرل ایمنـی ســلولی بعهـده دارنـد. عملکـرد اصـلی لنفوسیتهاي Th1 ،فعال سازي ماکروفاژها بوده که این عمل را عمدتا با واسطه، ایننترفرون گاما و لیگاند CD)CD40L (سطحی سلول انجام میدهند. از طرفـی، فعال شدن ماکروفاژها باعث افزایش ترشح سایتوکاینهاي التهابی و نهایتـا القـاي انفجار تنفسی میشود. اینترفرون گاما مترشحه از لنفوسیتهـاي Th1 نیـز سـبب القاي تعویض کلاس ایمونوگلوبولین در لنفوسیتهاي B به سمت تولید , IgG3 IgG1 میشود که از اپسونینهاي قوي مـیباشـند. بنـابراین لنفوسـیتهـاي Th1 نقش مهمی در کنترل ایمنی با واسطه ماکروفاژها دارند. سایتوکاینهاي Th1 اثرات دیگري نیز دارند که در ایمنی علیه عوامل بیماري زاي داخلی سلولی حائز اهمیت هستند. اینترفرون گاما، موجب افـزایش بیـان چنـدینژن در ناحیه MHC شده که این امر خود منجر به بالا رفتن میزان پـردازش آنتـی ژنها در مسیر MHC کلاس یک و عرضه آنها به سلولهاي TCD8 + میشود.

بسیاري از عوامل بیمـاریزا در سیتوپلاسـم سـلولهاي آلـوده شـده میزبـان تکثیـر مییابند. این عوامل بیماریزا شامل گروههایی هستند که یـا در سـایتوزول مسـتقر میشوند و یا اینکه داراي توانایی رشد در داخـل انـدوزوم مـیباشـند. در هـر دو حالت این باکتریها از دسترس آنتی بادي ها دور بوده و باید بـه کمـک روشـهاي دیگر از قبیل فاگوسیتوز و ایمنی سلولی کشته شوند. 1 -فاگوسیتوز: با وجود آنکه، فاگوسیتوز از نظر فیلوژنی جایگاه بسـیار قـدیمی دارد ولی هنوز بعنوان یکی از مهمتـرین مکـانیزمهـاي دفـاعی در مقابـل عفونـت میکروبی باقی مانده است. بعضـی از گونـههـاي باکتریهـا نظیـر اسـترپتوکوکوس پنومونیه و نیسریا مننژیتیدیس کپسولهاي پلی ساکاریدي تکامل یافتهاي دارند کـه به آنها کمک میکند کـه در برابـر بلعیـده شـدن توسـط سـلولهاي بیگانـه خـوار مقاومت کنند. برخی دیگر از باکتریها به زندگی کـردن در داخـل سـلول سـازگار شدهاند و سرعت ورود خود را به سلولهاي میزبان با اتصال به گیرندههاي محرك فاگوسیتوز افزایش میدهند. بطور مثال اینوسین پروتئین غشاي خـارجی یرسـینیا سدو توبرکلوزیس، روند فاگوسیتوز و در نتیجه ورود باکتري را بداخل سـلولهاي میزبان تحریک میکند. به همین صـورت دیگـر باکتریهـاي داخـل سـلولی نظیـر لژیونلا مایکوباکتریوم، بردتلا نیز به گیرنده سه کمپلمان CR3 که تشابه به زیادي در توالی باگیرندههاي اینوسین دارد، متصل میشوندتعداد اندکی از باکتریهاي گرم منفی نظیر بارتو نلا با سیلیفر میس، از اریتروسـیت ها بعنوان سلول میزبان استفاده میکنند. اریتروسیت ها ایـن باکتریهـا را از اثـرات سیستم ایمنی هومورال محافظت کرده و همچنین فاقـد سیسـتمهاي دفـاعی ضـد میکروبی داخل سلولی مانند لیزوزوم میباشـند. بـا ورود بـاکتري بـداخل سـلول میزبان، باکتري باید با محیط نا امن خطـر نـاك فـاگوزوم مقابلـه کنـد. بعضـی از گونـههـاي باکتریهـا در داخـل فـاگوزوم بـاقی مانـده در حالیکـه عـدهاي نظیـر لیستریامنوساتیوژن و گونههاي شیگلا از داخل فاگوزوم به ساتیوزول میگریزنـد. این باکتریها براي زندگی داخل فاگوزوم تخصص یافتهاند کـه یـا بـا مهـار ادغـام فاگوزوم به لیزوزوم از کشته شدن فرار میکنند (نظیر مایکوباکتریوم توبرکلوریس و لژیونلاپنوفیلیا) و یا نظیر کوکسیلا بر نتی با محیط نا امن فاگوزوم سازگار شـده اند. ماکروفازها طی فاگوستیوز با ترشح ساتیوکاینهـاي التهـابی انـدوتلیوم عـروق را فعال ساخته و سبب ایجاد تب و رها شدن پروتئینهاي مرحلـه حـاد مـیشـوند. TCD 8 سـلولهاي + , Th1 و NK بـا ترشـح گامـا اینترفـرون بـه فعـال شـدن ماکروفاژها کمک میکنند. فعـال شـدن ماکروفاژهـا، موجـب افـزایش چشـمگیر انفجـار تنفسـی و تولیـد متابولیتهاي سمی اکسیژن (اکسیژن – آب اکسیژنه) و نیتروژن (نیتریک اکسـاید، نیتریت و نیترات) میشود. فعال شدن ماکروفاز میزان ادغام فاکوزوم و لیزوزوم رنیز افزایش میدهد. همه این اثرات با یکدیگر به کشـتن باکتریهـاي نظیـر مـایکو باکتریوم در داخل فاگوزوم ماکروفاژها کمک میکنند. ماکروفاژهایی کـه میزبـان باکتریهـاي بـا قـدرت سـازگاري زیـاد هسـتند، بطـور پیشروندهاي توانایی فعال شدن را از دست میدهند و در نهایت قادر به پاکسـازي عفونت نخواهند بود. در طی چنین عفونتهاي مزمن، ماکروفاژهاي آلوده با لایـه ایی از لنفوسیت ها و ماکروفاژها محصور میشوند که به آن بافـت گرانولومـاتوز میگویند. از دیگر اثرات فعال شدن ماکروفاژها، افزایش بـروز MHC کـلاس دو -1 B7 و مولکول کمک تحریکی سلول T نظیر (CD80 (میباشـد کـه بـه آنهـا توانایی فعال سـاختن لنفوسـیتهـاي +4 TCD مبتـدي را مـیدهـد. عـلاوه بـر سایتوکاین و ترکیبات التهـابی، ماکروفاژهـاي فعـال شـده چنـدین سـایتوکاین و ترکیبات محلول دیگري نظیر 12 – 1L نیز ترشح میکنند کـه سـلولهاي T فعـال شده را به سمت Th1 سوق میدهد.