علاوه بر مسیر کلاسیک که در آن فعال شدن کمپلمان، نیازمند حضور آنتی بـادي و یا کمپلکس آنتی ژن آنتی بادي است، عوامل دیگري همچون لیپوپلی سـاکارید باکتریها، اندوتوکسین دیواره باکتریهاي گرم منفی، دیواره بعضـی مخمرهـا تجمـع IgA ،و سم مارکبري نیز قادرند کمپلمان را در مسیر فرعی فعال نمایند. در حالت طبیعی C3 بآهستگی و بطور خودبخودي در پلاسما میشکند و بـدین ترتیـب در یک سرم طبیعی C3b بطور مداوم تولید میشود. C3b در سـرم در حضـور یـون منیزیم بـا پـروتئین دیگـري بنـام فـاکتور B کمپلکسـی تشـکیل داده و بصـورت C3bBدرمـی آیـد(شـکل 3-5 .(پیونـد تیواسـتر داخلـی در C3 اصـلی، مسـتعدهیدرولیز خودبخودي توسط آب است که در نتیجه ایـن هیـدرولیز، شـکل فعـال شدهاي از C3 ،بنام C3i یا همان C3H2O تولید میشود. C3i بعنوان نقطه اتصال براي فاکتور B عمل نموده که در نتیجه این اتصال، C3IB بوجـود مـیآیـد. ایـن واکنش مشابه اتصال C2 به C4b است. در مرحله بعد، فاکتور B متصل شـده بـه C3I توسـط فــاکتور D شکسـته شــده و قطعــه کــوچکی از آن بنـام Ba جــدا میشود(شکل3-5 .(باقیمانده مجموعه، یعنی C3iBb که در اصـل همـان C3bBb است بعنوان مبدل فاز مایع C3 در مسیر فرعـی عمـل مـیکنـد(C3 کونورتـاز راه فرعی).b متصل به غشاء، ناپایدار بوده و خیلی زود تجزیه مـیگـردد. اتصـال ایـن مجموعه به پروپردین و تشکیل C3bBbp باعث پایداري مجموعـه خواهـد شـد. C3bBbp تعداد بیشتري از مولکولهاي C3 در سطح مربوطـه ایجـاد مـیکنـد. بـااتصال یک مولکول C3b به مجموعـه قبلـی، ترکیـب جدیـد C3bBb3b بوجـود مــیآیــد کــه بــه آن C5 کونورتـاز و یــا آنـزیم مبـدل C5 در مسـیر آلترنـاتیو میگویند