هر چند به نظر میرسد که آنتی بادیها و لنفوسیتهـاي T، تواماً در ایجاد بیماري نقش داشته باشند، ولی علت و منشأ آن دقیق شناخته نشده است. در این بیماري علیه چندین آنتی ژن خودي نظیـر تیروگلوبـولین(هورمـون اصلی مترشـحه تیروییـد) و انتـی ژنهـاي میکـروزوم(روي سـلولهاي اپـی تلیـال تیرویید) پاسخ ایمنی ایجاد میشود. در بیماران مبـتلا بـه تیروییـدیت هاشـیموتو، اتوآنتی بادي علیه تیروگلوبولین و آنتی ژن میکروزوم یافت شـده اسـت. مطالعـه هیستولوژي بافت تیرویید این بیماران مؤید شـرکت لنفوسـیتهـاي T در پاسـخ ایمنی علیه خودي را نشان میدهد. سلولهاي تک هسـتهاي بـه فولیکولهـاي غـده تیرویید هجوم میآورند. هجوم سلولهاي تـک هسـته در ایـن بیمـاري نیـز دلیـل واکنش ازدیاد حاسیت دیررس است. در میان سلولهاي ارتشاح یافته تک هستهاي علاوه بر ماکروفاژها و لنفوسیتهاي T ،لنفوسیتهاي B نیز وجود دارند. در اثـر واکنش اتوآنتی بادیها و لنفوسیتهاي T ،فولیکولهاي غده تیرویید تخریـب و غـده دچار کم کاري میشود. براي جبران تخریـب حاصـل، غـده تیروییـد شـروع بـه 211 دوباره سازي کرده کـه تـلاش آن منجـر بـه بزرگـی غـده مـیشـود. بـا تخریـب فولیکولهاي غده و کاهش تولید هورمونهاي مربوطه، علایم کم کاري عضو نظیـر، خشکی پوست، ورم صورت، شکنندگی ناخن و مو احساس سرماي دایمی بـروز پیدا میکند.